Pomembno je, da mikrovalovno pečico redno čistite, da preprečite nabiranje vonjav, maščob, drobtin in madežev. Če se v mikrovalovni pečici kaj razlije, je dobro, da to takoj obrišete. Za redno čiščenje pa večina strokovnjakov priporoča uporabo gospodinjskih predmetov, kot so limonin sok, kis, soda bikarbona in voda, za čiščenje mikrovalovne pečice, namesto kakršnih koli močnih kemikalij, ki bi lahko prišle v hrano.
Za hitro in enostavno čiščenje mikrovalovne pečice začnite tako, da odstranite stekleni pladenj, če ga ima mikrovalovna pečica. Ta pladenj lahko operete s toplo milnico in posušite ali celo pomivate v pomivalnem stroju. Nato iz notranjosti mikrovalovne pečice obrišite morebitne drobtine. Naslednji korak omogoča mikrovalovni pečici, da opravi večino dela, in je preprost in enostaven način za učinkovito čiščenje mikrovalovne pečice.
Napolnite posodo za mikrovalovno pečico z vodo in dodajte nekaj kapljic limoninega soka, polovico narezane limone ali majhno količino belega kisa. Nato posodo pečemo v mikrovalovni pečici od dve do pet minut, odvisno od moči mikrovalovne pečice, dokler voda ne začne vreti. Vrata mikrovalovne pečice pustite nekaj minut zaprta, da lahko para napolni mikrovalovno pečico.
Nato posodo previdno odstranite iz mikrovalovne pečice in stene obrišite z vlažno krpo. Morebitne madeže ali zapečeno hrano bi se morali zlahka obrisati, para pa bi morala uničiti vse obstoječe vonjave. Pri trdovratnih madežih na vlažno gobico nanesite malo sode bikarbone in madež nekaj sekund drgnite, kar naj poskrbi. Na koncu še enkrat obrišite notranjost mikrovalovne pečice z navadno toplo vodo. Uporaba naravnih predmetov, kot so ti za čiščenje mikrovalovne pečice, zagotavlja, da nobena škodljiva kemikalija ne konča v zraku ali v hrani.
Druga možnost je, da z gobico ali vlažno krpo z limoninim sokom ali kisom obrišete mikrovalovno pečico, ne da bi prej segreli posodo z vodo. Vendar pa bo ta metoda zahtevala več čiščenja in truda. Sredstva za čiščenje mikrovalovne pečice se prodajajo tudi v trgovinah, najdete pa jih v oddelku za čiščenje gospodinjstev. Za čiščenje zunanje strani mikrovalovne pečice lahko uporabite običajna čistilna sredstva, vendar bodite še posebej previdni, če je zunanja stran mikrovalovne pečice iz nerjavnega jekla. Če imate raje naravna čistilna sredstva, je povsem v redu, da uporabite limonin sok ali kis, razredčen s toplo vodo, da obrišete tudi zunanjost mikrovalovne pečice.