Na učinkovitost kondoma vpliva več dejavnikov, zlasti način nošenja in uporabe tako moških kot ženskih kondomov. Starost in stanje kondoma lahko tudi omejita njegovo sposobnost preprečevanja spolno prenosljivih bolezni (STD) in nosečnosti. Ti dejavniki lahko znatno povečajo možnosti za neželeno nosečnost.
Študije so pokazale, da si veliko moških ne nadene kondoma ali ga pravilno nosi. Če si moški kondom nadenete preveč grobo ali narobe, ga lahko raztrgate ali oslabite, kar zmanjša učinkovitost kondoma. Uporaba premajhnega ali prevelikega kondoma lahko omeji tudi njegovo sposobnost preprečevanja nosečnosti in spolno prenosljivih bolezni. Kondom, ki je pretesen ali nataknjen brez dovolj prostora na konici, lahko poveča tveganje za trganje ali zlom; velika verjetnost, da bo kondom padel ali se razlil. Zaradi tega bi morali moški kupiti in uporabljati kondome ustrezne velikosti in jih uporabljati točno tako, kot piše na embalaži.
Podobne težave imajo lahko tudi ženski kondomi. Uporaba neustreznega ženskega kondoma lahko povzroči premikanje med spolnim odnosom, kar poveča možnost nosečnosti in možnosti za okužbo s spolno prenosljivimi boleznimi. Ženski kondomi se običajno štejejo za manj učinkovite od moških za 5 do 10 odstotkov.
Morda je eden od največjih dejavnikov, ki vpliva na učinkovitost kondoma, uporaba tega izdelka. Da bi ta vrsta kontracepcije zagotavljala optimalno zaščito, jo je treba nositi pred kakršno koli penetracijo in med celotnim dejanjem. Nošenje kondoma po že začetku spolnega odnosa lahko močno poveča tveganje za prenos ali okužbo s spolno prenosljivimi boleznimi ter možnosti za nosečnost.
Pri moških in ženskih različicah je učinkovitost kondoma v veliki meri odvisna od kakovosti kondoma. Vsak kondom ima rok uporabnosti, ki je natisnjen na škatli in embalaži vsakega posameznega kondoma. Uporaba starega kondoma lahko poveča možnost, da se zlomi ali v njem razvijejo solze ali luknje. Preverjanje datuma na embalaži pred vsako uporabo lahko pomaga odpraviti to težavo.
Še preden kondomu poteče rok uporabnosti, se lahko poškoduje. Kondome je treba hraniti na hladnem in suhem v embalaži do tik pred uporabo. Če ga hranite v denarnici, torbici ali avtomobilu, ga lahko izpostavite visoki stopnji toplote in možnim poškodbam zaradi drugih predmetov, kar zmanjša učinkovitost kondoma. Kondomov ne smete nikoli izpostavljati neposredni sončni svetlobi ali hraniti v bližini virov toplote, saj lahko poškodujejo njihovo celovitost.
Kondom je treba pred uporabo pregledati in ga uporabiti le enkrat. Če je kondom rumen, razpokan ali suh, ga ne smete uporabljati. Študije so pokazale, da ob popolni uporabi moškega kondoma dve od 100 žensk zanosita. Če se uporablja napačno, ta številka poskoči na vsakih 15 od 100 žensk. Ženski kondom ob pravilni uporabi povzroči nosečnost pri petih od 100 žensk; ob nepravilni uporabi povzroči nosečnost 21 od vsakih 100 žensk.