Številni dejavniki lahko igrajo vlogo pri plači, ki jo zasluži biokemik. Nekatere od teh dejavnikov lahko nadzoruje biokemik, drugi pa so lahko bolj izpostavljeni vplivom celotne industrije, ki jih biokemik ne more nadzorovati. Razpon plač biokemikov se lahko zelo razlikuje, zato je pomembno upoštevati vplive na plačo pri ocenjevanju ponudbe za zaposlitev, da ugotovimo, ali je plača razumna ali ne.
Eden največjih odločilnih dejavnikov pri plači biokemika je, kje biokemik dela. Različni narodi imajo radikalno različne plačne lestvice in življenjske stroške. Biokemik, ki dela v Britaniji, na primer, bo verjetno zaslužil več kot biokemik, ki dela v Indiji, preprosto zaradi različnih življenjskih stroškov. Podobno lahko biokemik, ki dela za mednarodno podjetje, zasluži več kot en zaposlen v domačem podjetju. Pomembna je tudi vrsta podjetja, v katerem dela biokemik. Farmacevtska podjetja ponavadi izplačujejo zelo visoke plače, medtem ko imajo vladne agencije manj sredstev na voljo za plače.
Drug dejavnik pri plači biokemika je količina usposabljanja, ki ga je imel biokemik. Višja kot je fakulteta, višja je plača praviloma. Več izkušenj kot delovni biokemik lahko poveča tudi plačo biokemika, prav tako posebna potrdila in usposabljanje. Na primer, biokemik, ki je delal v visokem in zelo varnem laboratoriju, bo obravnavan kot bolj privlačen kandidat za zaposlitev kot biokemik, ki ga ni, kar pomeni, da lahko bolj izkušeni biokemik zahteva in prejema višjo plačo.
Velikost podjetja je lahko pomembna tudi, ko gre za plačo biokemika, prav tako narava podjetja. Neprofitne organizacije plačujejo manj, profitne organizacije pa več. Deloma je to posledica razpoložljivih sredstev, deloma pa narave organizacije. Pomembna je tudi vrsta dela, ki se izvaja. Napredne raziskave bodo prinesle višjo plačo biokemika, medtem ko bo rutinska obdelava laboratorijskega materiala plačana manj. Zgodovina objav v raziskovalnih revijah bo povečala tudi plačo biokemika, sodelovanje na konferencah in druge oblike strokovnega izpopolnjevanja.
Pomembni so tudi nazivi delovnih mest. Naprednejši kot je naziv delovnega mesta, višja je plača, tudi če dve osebi z različnimi nazivi opravljata skoraj enako delo. To je eden od razlogov, zakaj so ljudje zelo previdni, ko gre za pogajanja o nazivih delovnih mest, pri čemer so pozorni na druge nazive, ki se uporabljajo v podjetju in v laboratoriju. Pomembne so lahko tudi pogodbene obveznosti. Če biokemik podpiše sporazume, iz katerih je razvidno, da bo dolgo časa preživel v podjetju in ne bo delal za konkurenčna podjetja, bo podjetje plačalo več, kot priznanje za visoko raven zavezanosti zaposlenega.