Na odmerek mizoprostola vplivajo dejavniki, kot so želeni učinek zdravila, faza nosečnosti, v kateri je ženska, in način dajanja zdravila. Na primer, za spodbujanje poroda pri bolniku je treba dati 50 mikrogramov (mg) vsake štiri ure, če se jemlje peroralno, ali 25 mg vaginalno vsakih šest ur. Pri bolnikih z nepopolnim splavom v štirih do 12 tednih je treba 600 mg jemati peroralno, samo enkrat. Priporočeni odmerek misoprostola se spreminja glede na okoliščine, kot so te.
Mizoprostol je razvrščen kot del hormonske skupine, imenovane prostaglandini. Učinkovitost zdravilne oblike tega hormona je odvisna od količine receptorjev, ki jih ima ženska, ki jemlje zdravilo. To je na splošno mogoče določiti glede na fazo nosečnosti, odmerek misoprostola pa delno temelji na tem. V zgodnji nosečnosti ima ženska manj prostaglandinskih receptorjev in zato potrebuje večji odmerek zdravila. V poznejših fazah nosečnosti je receptorjev več in zato je potrebno manj zdravila. Na splošno je misoprostol na voljo v 200 mg tabletah, lahko pa ga najdete tudi v 100 mg tabletah ali 25 mg pesarijih za vaginalno uporabo.
Zdravilo se lahko daje na različne načine, priporočeni odmerek misoprostola pa se razlikuje glede na te načine dajanja. Zdravilo se lahko daje peroralno, vaginalno, rektalno ali sublingvalno, kar pomeni pod jezik. Na splošno so vaginalni odmerki učinkovitejši od peroralnih odmerkov, vendar jih je mogoče dajati le za določena stanja. Rektalno dajanje običajno zahteva večji odmerek misoprostola kot pri peroralni ali sublingvalni uporabi.
Če se uporablja za indukcijo poroda pri bolnicah, starejših od 24 tednov nosečnosti, je priporočeni odmerek misoprostola 25 mg vaginalno vsakih šest ur ali 50 mg peroralno vsake štiri ure. Če se zdravilo uporablja za pomoč pri zorenju in razširitvi materničnega vratu, je treba 400 mg zdravila dajati vaginalno tri ure pred posegom. Če se zdravilo uporablja za zamujeni splav med četrtim in 12. tednom nosečnosti, je treba 800 mg dajati vaginalno ali sublingvalno.
Priporočeni odmerek misoprostola se v veliki meri spreminja na podlagi teh dejavnikov, vendar je odmerek na splošno določen kot posledica želenega učinka zdravila. Na primer, ko se misoprostol uporablja za zdravljenje poporodne krvavitve, je priporočeni odmerek 1,000 mg rektalno, 200 mg peroralno ali 400 mg sublingvalno. Zdravilo je treba jemati le pod nadzorom in navodili zdravnika.