Pri dajanju heparina je izredno pomemben pravilen odmerek, saj premalo ne bo imelo zadostnega antikoagulantnega učinka za bolnikovo zdravstveno stanje, prevelika količina pa lahko povzroči krvavitev, ki lahko povzroči smrt. Pravilno odmerjanje heparina je odvisno od več dejavnikov, vključno s telesno težo bolnika, splošnim stanjem in aktivnim delnim tromboplastinskim časom (aPTT), ki je čas v sekundah, potreben za strjevanje krvi. Druge spremenljivke telesne teže se lahko uporabijo za izračun odmerka heparina, povezanega s telesno maso, vključno s prilagoditvami za debele bolnike. Končno, med dajanjem lahko spremembe v stanju, prisotnost znatne krvavitve in spremembe hemodinamske stabilnosti kažejo na potrebo po prilagoditvi odmerka heparina.
Ker je bil heparin prvič odkrit in postal široko uporabljen v začetku 20. stoletja, so bila izražena različna mnenja o tem, kako določiti odmerek. Zdravniki so razpravljali o uporabi odmerjanja na podlagi teže v primerjavi z odmerjanjem, ki ne temelji na teži, pri čemer trenutno prevladuje mnenje v prid odmerjanja na podlagi teže. Odmerjanje heparina, ki ne temelji na teži, označuje začetni bolus 5,000 enot z infuzijami 1,000 enot na uro.
Trenutne smernice, ki temeljijo na teži, kažejo začetno bolusno dajanje 80 enot na kilogram dejanske telesne mase (ABW) in vzdrževalno infuzijo 18 enot na kilogram ABW na uro, ko je aPTT manj kot 35 sekund. Prilagoditve se izvajajo na podlagi rednih ocen aPPT, običajno vsakih šest ur. Ocena aPPT razkrije, kako dobro heparin deluje v telesu. Število trombocitov in popolna krvna slika (CBC) lahko prav tako pomagata ugotoviti, ali je potrebna prilagoditev odmerka heparina.
Včasih se uporablja še en protokol odmerjanja heparina na podlagi teže, ki temelji na izračunih, ki vključujejo dejansko telesno maso in pusto telesno težo v kilogramih. Pacientova višina se izračuna v palcih. Od vsote se odšteje šestdeset. Odgovor se pomnoži z 2.3 in nato se doda 50 za moške in 45 za ženske. Odgovor je enak bolnikovi vitki telesni teži (LBW) v kilogramih.
Če je ABW večji od 1.4-kratnik LBW, se bolnik šteje za debelega. Za upoštevanje povečanega volumna krvi pri debelem bolniku se uporablja drugačna formula. V tem primeru se teža doziranja izračuna tako, da se vzame razlika med ABW in LBW, rezultat pomnoži z 0.4 in rezultat doda LBW. Nekateri zdravniki te formule ne uporabljajo, saj navajajo, da povečan volumen krvi pri debelem bolniku minimalno vpliva na odmerek heparina.