Cene potovalnih agencij so odvisne od vrste potovalnih izdelkov, ki jih prodajajo, količine svetovanja, ki ga ponujajo strankam, in njihovega lastnega strokovnega znanja. V primerih, ko potovalna agencija strankam prodaja potovalne izdelke, ki plačajo malo ali nič provizije, kot so letalske vozovnice, se cene običajno določijo tako, da zagotovijo, da potovalni agent dobi pravično nadomestilo za svoj čas. Pristojbine in cene za svetovalne storitve so bolj verjetno odvisne od izkušenj, ki jih ima potovalni agent pri zagotavljanju potovalnih storitev, ali njegovega poznavanja določene geografske regije ali vrste potovanj. Cene potovalnih agencij se lahko določijo tudi v skladu z življenjskimi stroški na območju, kjer potovalna agencija deluje.
S pojavom internetnih potovalnih storitev so številni ponudniki potovanj, kot so letalske družbe, hoteli in ponudniki paketov, zmanjšali ali odpravili provizije, plačane potovalnim svetovalcem in agentom. Zaradi tega so morali ti potovalni strokovnjaki uvesti cene potovalnih agencij, da bi lahko ostali v poslu. V nekaterih primerih so te stopnje vzpostavljene za nadomestilo potovalnemu agentu, ki svojim strankam zagotovi potovalne storitve brez provizije ali nizke provizije. Te cene in provizije se lahko opustijo v primerih, ko stranka potovanja kupi druge potovalne izdelke, ki agentu zagotavljajo zadostno provizijo. Na primer, če stranka rezervira potovanje v tujino in kupi letalsko karto, letoviški paket in storitve zemeljskega prevoza, se lahko potovalni agent odpove svoji standardni proviziji za rezervacijo letalske karte, saj bo prejel veliko provizijo od drugih nakupov potovanj.
Nekatere cene potovalnih agencij so namenjene nadomestilu izkušenih potovalnih agencij za njihov čas pri raziskovanju možnosti potovanja in svetovanju strankam. Te cene se običajno zaračunavajo kot način zaščite potovalnega agenta, da ne bi porabil časa za svetovanje potencialni stranki o možnostih potovanja, da bi izgubili morebitne provizije, ko stranka rezervira svoje potovanje neposredno ali z drugo potovalno agencijo. Pristojbine se razlikujejo glede na vrsto raziskave, ki jo bo potovalna agencija opravila v imenu svoje stranke, in glede na to, ali mora potovalna agencija kriti dodatne stroške pri zagotavljanju možnosti potovanja, kot so mednarodni telefonski klici ali pošiljanje faksov različnim ponudnikom potovanj. . Tako kot pri pristojbinah za letalske vozovnice tudi potovalna agencija včasih opusti te stroške, če stranka opravi pomemben nakup.