Obstaja veliko vrst, endemičnih za Indonezijo, vročo točko tropske biotske raznovrstnosti. Indonezija je obsežna regija in država na severu Avstralije in jugovzhodu jugovzhodne Azije. Sestavljen je iz 17,508 otokov, razvrščenih v arhipelage, največji so Nova Gvineja, Borneo, Sumatra, Sulawesi, Flores in Timor. Nova Gvineja, Borneo in Sumatra so drugi, tretji in šesti največji otok na svetu, skupaj obsegajo več kot 800,000 kvadratnih kilometrov. Izolacija številnih indonezijskih otokov prispeva k njihovi biotski raznovrstnosti, pri čemer so različne vrste raznolike na vsakem otoku in so izolirane od celinskih plenilcev.
V Indoneziji sta dve primarni zoogeografski coni: Sundaland na zahodu in Wallacea na vzhodu. Te deli Wallaceova črta, namišljena črta, ki poteka med Borneom in Sulawesijem. Zahodno od črte najdemo večinoma azijske vrste, vzhodno pa avstralske vrste. Na splošno je približno polovica Indonezije nenaseljena, večinoma jo zasedajo deževni gozdovi.
V Sundalandu je 381 avtohtonih vrst sesalcev, od tega 173 endemičnih. V preteklih ledenih dobah je bila gladina morja na tem območju dovolj nizka, da so živali lahko potovale z azijske celine na otoke. Tako lahko tukaj najdemo tigra, nosoroga, slona in leoparda. Najbolj znane vrste, endemične za Indonezijo, orangutan, najdemo na Borneu in Sumatri, kjer sestavljata dve ločeni vrsti. Te oranžne opice so zelo inteligentni uporabniki orodja, vendar jih ogrožajo človeška dejavnost in uničenje habitata. Čudoviti sumatranski tiger, najmanjša vrsta tigra, najdemo ionske lise nad otokom, kjer šteje le 500 osebkov.
Dve drugi endemični vrsti za Indonezijo sta sumatranski in javanski nosorog, dve najredkejši in najbolj ogroženi vrsti velikih sesalcev na svetu. Že dolgo so jih lovili zaradi njihovih rogov, ki imajo vrednost v kitajski medicini. Obstaja le približno 300 sumatranskih nosorogov in le 60 javanskih nosorogov. Za zagotovitev, da te vrste obnovijo svoje populacije, bodo potrebna znatna prizadevanja za ohranjanje. Postopek bi lahko trajal stoletja.
Druge vrste, endemične za Indonezijo, najdemo v Wallacei, regiji vzhodno od črte Wallace. Wallacea ima 126 endemičnih vrst, vključno s sedmimi vrstami opic makakije, petimi vrstami tarsierja, anoo, redkim podrodom bivolov, in babiruso, prašiču podobna žival z dvema nizoma ukrivljenih rogov. Na otoku Nova Gvineja so vrste, ki so endemične za Indonezijo, kot so nenavadni drevesni kenguru Goodfellow, številne vrste glodalcev, nekateri dolgi meter, čudoviti papuanski kljun in slavni komodoški zmaj, največji živi kuščar. Ker so edini domači placentalni sesalci netopirji in miši, so druge vrste, kot je komodoški zmaj, zavzele niše, ki bi jih sicer prevzele velike placente.