Dve glavni vrsti zelenega gnojila sta gnoj in kompost. Drug način za naravno gnojenje vrtov je oranje odmrlih rastlin nazaj v zemljo. Mnogi vrtnarji raje uporabljajo zelena gnojila, ker zmanjšujejo verjetnost, da neželene kemikalije vstopijo v oskrbo s hrano.
Kravji gnoj je verjetno najpogostejša vrsta zelenega gnojila. Vrtnarji ga imajo radi, ker ne gori rastlin in vsebuje številne kemične lastnosti, potrebne za zdravo rast rastlin. Kravji gnoj je sestavljen iz dušika, pepelike in fosfata ter številnih neprebavljenih koščkov organske snovi, ki so odlična gnojila.
Svež kravji gnoj lahko takoj razporedite po vrtnih gredicah; vendar je treba posušen gnoj najprej zdrobiti ali zdrobiti. Posušen gnoj je treba nato zgrabljati po sveže obrnjeni gredi in paziti, da je porazdelitev enakomerna. Pri uporabi svežega ali suhega gnoja je v večini primerov po trosenju dobro površino rahlo zaliti.
Druge vrste gnojila, ki se pogosto uporabljajo kot zeleno gnojilo, vključujejo piščančji in konjski gnoj. Obe vrsti gnoja nudita veliko enakih hranil kot kravji gnoj. Če je treba gnoj kupiti, je konjski gnoj običajno nekoliko dražji od kravjega, medtem ko je piščančji iztrebek običajno cenejši. Ena pomanjkljivost uporabe piščančjega gnoja je, da velja za najbolj dišeče od vseh gnojil. Ne samo, da je vonj pretirano močan, ampak se lahko v zraku zadrži več dni.
Če je vzdrževanje vrta popolnoma ekološko, je treba poskrbeti, da gnojilo prihaja iz živali, ki ne vsebujejo hormonov in zdravil. Možno je, da elementi v sledovih iz zdravil in hormonov pridejo v živalske odpadke. Eden od načinov, da se prepričate, da do tega ne pride, je, da gnoj najprej dodate v kompostni kup. Bakterijski učinki kopice bodo pomagali odpraviti kakršno koli neorgansko vsebnost v gnoju.
Kompostni kupi so kupi ali organske snovi, ki lahko sčasoma fermentirajo. V kompostni kup lahko dodamo katero koli vrsto organske snovi. Večina ljudi začne svoje kompostne kupe z ostanki mize in olupki sadja in zelenjave. V večini primerov traja približno šest mesecev, da kompostni kup dovolj fermentira, da naredi dobro zeleno gnojilo. Ko je kompost pripravljen, ga preprosto spremenimo v gredico in nato rahlo zalijemo.
Druga metoda organskega gnojenja je omogočiti, da stare rastlinske gredice odmrejo, nato pa odmrle ostanke zaoramo nazaj v zemljo. To mrtvo rastlinsko življenje bo sčasoma sprostilo hranila v tla, ki bodo spodbudila rast novih rastlin. Ta način gnojenja kmetje uporabljajo že stoletja.