Zdravljenje z amoksicilinom se uporablja za boj proti številnim različnim bakterijskim okužbam. V nekaterih primerih lahko ta zdravljenja pozdravijo aktivno okužbo, v drugih pa lahko preprečijo okužbo. Natančna vrsta zdravljenja se razlikuje glede na posebne okoliščine bolnika, ki se zdravi. Nekatera zdravljenja z amoksicilinom se lahko dajejo z več različnimi metodami peroralne dostave. Drugi se dajejo intravensko.
Vsa zdravljenja z amoksicilinom so zasnovana za boj proti nekaterim vrstam bakterijske okužbe. V nekaterih primerih so ta zdravljenja namenjena boju proti aktivnim okužbam. Vnetje grla se pogosto zdravi s tečajem amoksicilina. Številne spolno prenosljive okužbe se dobro odzivajo na zdravljenje z amoksicilinom, zdravilo pa se pogosto uporablja tudi pri zdravljenju okužb sečil.
Druga zdravljenja z amoksicilinom so namenjena preprečevanju ali nadzoru okužbe in ne odpravljanju aktivne bakterijske okužbe. Amoksicilin se običajno uporablja za povečanje odpornosti na okužbe ljudi, katerih imunski sistem je poškodovan, zlasti tistih, ki nimajo vranice. Akne, ki jih običajno povzročajo bakterije, je pri mnogih bolnikih mogoče zdraviti in v veliki meri preprečiti z uporabo antibiotikov, amoksicilin pa je ena pogosta izbira za tovrstno zdravljenje.
Najpogostejši način dostave za zdravljenje z amoksicilinom je serija tablet amoksicilina s časovnim sproščanjem. Te tablete zagotavljajo, da raven antibiotika, prisotnega v krvnem obtoku, ostane relativno konstantna, kar zagotavlja, da se bakterijske populacije nikoli ne morejo opomoči. Previdno razporeditev odmerkov je bistvenega pomena za zagotovitev, da zdravilo ostane nad določeno minimalno koncentracijo v telesu, pri čemer je treba natančno upoštevati razmik odmerkov, ki ga določi farmacevt, tudi če to pomeni, da morate vstati sredi noči in vzeti tabletka.
Druga možnost za peroralno dajanje amoksicilina je zasnovana tako, da olajša uporabo zdravila pri otrocih. Za dajanje tega zdravila se včasih uporabljajo žvečljive tablete amoksicilina. Otroci se pogosto zdravijo z amoksicilinom v obliki tekočega zdravila. To zdravilo lahko poleg tekočine amoksicilina kombinirate z več sirupi različnih okusov. Namenjeni so, da je zdravilo bolj prijetno za otroke, da se zagotovi boljša skladnost s programom zdravljenja odvisnosti od drog.
V nekaterih primerih se amoksicilin lahko daje intravensko. Ta vrsta zdravljenja je najpogostejša v bolnišničnih okoljih. Uporablja se lahko tudi, če je zdravljenje z amoksicilinom predpisano bolnikom, na primer tistim, ki so nezavestni, ki ne morejo slediti drugim vrstam programov zdravljenja, vendar imajo stanja, ki zahtevajo zdravljenje z amoksicilinom.