Tipično zdravljenje toksoplazmoze je šesttedenski tečaj antimalaričnih zdravil in antibiotikov, različna zdravljenja pa vključujejo le različna zdravila. Večina ljudi z zdravim imunskim sistemom ne ve, da so okuženi s toksoplazmozo, ker okužba ne povzroča nobenih simptomov bolezni. Če oseba zboli za toksoplazmozo, se pojavijo simptomi, podobni gripi. Nosečnice imajo večje tveganje za razvoj simptomov toksoplazmoze in jih je treba testirati, če sumite na okužbo. Prirojena toksoplazmoza lahko povzroči zaplete za nerojenega otroka, zato bodo bodoče matere običajno začele jemati antibiotike.
Katero zdravljenje toksoplazmoze bo predpisano, je odvisno od tega, ali je okužba akutna ali latentna. Obe vrsti zahtevata uporabo antimalaričnih zdravil in antibiotikov za uničenje patogena, ki je odgovoren za povzročitev okužbe. Akutna toksoplazmoza se nanaša na novo okužbo in se običajno zdravi s kombinacijo pirmetamina in sulfadiazina. Nosečnice se zdravijo z antibiotikom, imenovanim spirmicin, in uporaba tega antibiotika pomaga preprečiti, da bi okužba dosegla otroka v maternici. Po rojstvu otroka se lahko opravijo testi, s katerimi ugotovimo, ali ima aktivno okužbo, in če je dojenček pozitiven, se bo začel tritedenski cikel pirmetamina in sulfadiazina.
Antimalarični pirmetamin se lahko nabere do toksičnih ravni v krvi, če ga jemljemo v velikih količinah v daljšem časovnem obdobju, zato je večini ljudi predpisana folna kislina, da se prepreči razvoj toksičnosti krvi. Pirmetamin lahko tudi blokira absorpcijo folne kisline in drugih vitaminov B, zato bodo zdravniki predpisali isto folinsko kislino, ki jo jemljejo za preprečevanje toksičnosti, da bi pomagali nadomestiti ravni folne kisline v telesu. Pogosto sta potrebna dva kroga teh zdravil z dvotedenskim premorom med fazami zdravljenja. Režim zdravljenja s toksoplazmozo je skoraj univerzalen za vse bolnike in je običajno učinkovit pri odpravljanju okužbe.
Zdravljenje toksoplazmoze lahko traja do 12 tednov zdravljenja. Če je okužba odporna na standardna antimalarična in antibiotična zdravila, postane latentna okužba in je potrebno nadaljnje zdravljenje. Ta zdravila so včasih predpisana bolnikom z oslabljenim imunskim sistemom kot prva linija zdravljenja toksoplazmoze. Atovaquone in klindamicin sta dva antibiotika, ki se uporabljata za uničenje cist toksoplazmoze, ko drugi antibiotiki ne uspejo. Zdravniki lahko večino časa uspešno zdravijo toksoplazmozo brez trajnih posledic, vendar se lahko nekateri dojenčki, ki so okuženi pred rojstvom, rodijo z blagimi zapleti, ki so posledica okužbe.