Obstaja več metod za zdravljenje pilonidalne ciste, odvisno od resnosti okužbe in potreb bolnika. V nekaterih primerih lahko oseba z okuženo cisto opravi osnovno zdravljenje pilonidalne ciste doma. V drugih primerih se lahko zdravljenje izvede, ko zdravnik izsuši cisto in zamaši rano. V najhujših primerih bo morda potrebna operacija. Kirurško zdravljenje pilonidalne ciste običajno spada v dve skupini: operacijo odprte rane in operacijo zaprte rane.
Velikokrat, če cista ni okužena, lahko pride do zdravljenja pilonidalne ciste doma, brez medicinskega posega. Bolniki morajo redno umivati območje in ga vzdrževati suho, da preprečijo razvoj okužbe. Tudi puljenje dlačic, ko se pojavijo na tem območju, lahko pomaga preprečiti okužbo. V mnogih primerih, če se je mogoče izogniti okužbi, se je mogoče izogniti tudi bolj agresivnemu zdravljenju, kot je operacija.
V večini primerov bo potrebna zdravniška intervencija. Zdravnik primarne zdravstvene oskrbe običajno začne zdravljenje okužene pilonidalne ciste z nanosom lokalnega anestetika na okuženo območje, da omrtviči cisto. Nato bo zdravnik odprl cisto, izpraznil tekočino, očistil absces in zapakiral rano. Na splošno ta vrsta zdravljenja učinkovito pozdravi stanje, vendar je treba embalažo pogosto menjati, dokler se rana ne zaceli.
V najhujših primerih lahko zdravljenje pilonidalne ciste vključuje operacijo. Operacija se običajno priporoča po neuspešnem manj agresivnem zdravljenju. V mnogih primerih, če se cista ponovno pojavi, potem ko zdravnik izsuši, očisti in zapakira rano, je operacija lahko naslednja najboljša možnost. Operacija pilonidalne ciste se običajno izvaja v bolnišnici in ne v zdravniški ordinaciji. V večini primerov bo to ambulantna operacija. Obstajata dve vrsti operacij: operacija odprtih ran in operacija zaprtih ran.
Pri operaciji odprte rane ostane rana odprta, potem ko kirurg očisti absces. Ta oblika operacije lahko vključuje tehniko, imenovano marsupializacija. S to tehniko se naredi kirurški rez, nato pa se cista izsuši in očisti. Kirurg nato z robovi rane ustvari zavihek, podoben vrečki. Rane pri operaciji odprte rane ni treba zapakirati, lahko pa traja en do dva meseca, da se popolnoma zaceli.
Druga oblika operacije je operacija zaprtih ran. Vključuje odpiranje, odvajanje in čiščenje ciste, podobno kot pri drugih zdravljenjih. Za razliko od drugih zdravljenj kirurg, ki izvaja operacijo zaprte rane, dejansko zapre rane s šivi. Običajno se zaceli hitreje kot druge oblike kirurškega posega, vendar obstaja tudi večja verjetnost, da se bo cista sčasoma ponovno pojavila po tej vrsti operacije.
Po kakršni koli obliki zdravljenja je pomembno, da rano oskrbite, da preprečite okužbo in ponovitev. Zato mora pacient po nasvetu svojega zdravnika očistiti in umiti zarezo. Poleg tega na območje ne smete nanašati krem, olj ali drugih gostih mazil. Prav tako je najbolje sedeti le kratek čas, če je mogoče.