Številna zdravljenja različnih zdravstvenih stanj lahko vključujejo kostni mozeg. Zdravljenje kostnega mozga običajno vključuje presaditev kostnega mozga, pri kateri se zdrave matične celice iz kostnega mozga presadijo v bolnika, ki nima zdravega kostnega mozga ali ki ne proizvaja prave vrste celic v svojem kostnem mozgu. Zdravljenje kostnega mozga običajno poteka v bolnišnici in lahko vključuje bivanje v bolnišnici, odvisno od vrste posega.
Pri aspiraciji in biopsiji kostnega mozga se odvzame vzorec kostnega mozga nekoga, običajno iz medenice. Eden od razlogov za to je za diagnostične namene, tako da se lahko kostni mozeg pregleda v laboratoriju. Lahko se opravi tudi za zbiranje kostnega mozga za presaditev ali za tipkanje kostnega mozga, da se ugotovi, ali ga je mogoče uporabiti pri presaditvi ali ne.
Druga vrsta zdravljenja kostnega mozga vključuje izpostavljanje kostnega mozga kemoterapiji, sevanju ali obojemu. To se pogosto uporablja za pripravo pacienta na presaditev z ubijanjem njenega ali njegovega kostnega mozga. Bolniki so v tej fazi zdravljenja izjemno ranljivi in so običajno izolirani, da ne zbolijo. Kemoterapijo in obsevanje lahko uporabimo tudi pri poskusu premaganja raka kostnega mozga, z upanjem, da se ohrani pacientov kostni mozeg z ubijanjem rakavih celic.
Ko gre za presaditev kostnega mozga, obstaja več možnosti. Ena vključuje presaditev matičnih celic iz popkovine pacienta ali iz vzorca pacientovega kostnega mozga, odvzetega pred kemoterapijo in obsevanjem, znano kot avtologno darovanje. Pacient lahko prejme tudi alogensko darovanje kostnega mozga od nekoga drugega, na primer od družinskega člana ali neznanca s pravo vrsto kostnega mozga. Nazadnje, za bolnike, ki imajo dovolj srečo, da imajo dvojčke, se lahko izvede singenska presaditev kostnega mozga z donorskim mozgom iz pacientovega dvojčka.
Cilj vsakega zdravljenja kostnega mozga je reševanje neke vrste težave s pacientovim kostnim mozgom. Ta težava je lahko rak, genetsko stanje, ki poslabša delovanje kostnega mozga, ali druga zdravstvena težava. Ker kostni mozeg proizvaja krvne celice, je izredno pomemben del telesa, zato je treba zdravljenje kostnega mozga izvajati previdno, da bolnika ne izpostavimo nepotrebnim tveganjem.