Zdravljenje kondilomov vključuje lokalna zdravila, nizke temperature, električni tok in laserje z ogljikovim dioksidom. Zdravniki se lahko odločijo tudi za kirurško odstranitev. Potek zdravljenja je običajno odvisen od bolnikovega zdravja in stanja imunskega sistema, stanja nosečnosti in uspešnosti predhodnih metod zdravljenja. Ponudniki zdravstvenih storitev na splošno zdravijo samo bolnike z vidnimi lezijami v upanju, da bo odstranitev pomagala imunskemu sistemu pri zaviranju razmnoževanja virusnih celic.
Začetno zdravljenje je običajno uporaba lokalnega gela, raztopine ali mazila na lezije. Nekatera zdravila zahtevajo večkratno dnevno uporabo, druga pa enkrat na dan določeno število dni na teden. Ti pripravki so na splošno jedki in zasnovani za uničenje tkiva lezije. Neželeni učinki se razlikujejo glede na vrsto zdravila in segajo od blagih do hudih. Nekatera zdravila za lokalno uporabo lahko povzročijo pekoč občutek in srbenje okolice, druge formulacije pa lahko boleče razjedejo kožo.
Kadar lokalna zdravila ne dajejo ustreznih rezultatov in je pacientka noseča, zdravniki pogosto zdravijo kondilome s krioterapijo. Ta vrsta zdravljenja kondilomov je na splošno uspešna pri manjših lezijah. Na vsako lezijo se nanese kriosonda, ki vsebuje tekoči dušik. Hitro zamrzovanje in kasnejše odmrzovanje porušijo celične stene in povzročijo obsežno poškodbo celic. Vnetje po zdravljenju lahko prispeva tudi k procesu uničenja celic.
Elektrodesikcija ali elektrokirurgija je postopek, pri katerem se električni tok prenaša skozi iglo ali majhno zanko. Metoda bipolarne igle zagotavlja visokofrekvenčno ustvarjeno toploto na natančne točke. Bipolarna zanka opeče in reže tkivo, hkrati pa ustavi krvavitev. Ta vrsta zdravljenja kondilomov se pogosto uporablja za odstranjevanje večjih genitalnih bradavic. Izvaja se lahko ambulantno z lokalno anestezijo.
Lasersko terapijo z ogljikovim dioksidom lahko izvajamo v lokalni ali splošni anesteziji. Zdravljenje kondilomov na ta način praviloma uniči lezije, medtem ko prihrani okoliško zdravo kožo. Bolnikom z odpornimi ali obsežnimi lezijami pogosto koristi ta vrsta zdravljenja kondilomov. Poročila trdijo, da kar polovica bolnikov, ki se zdravijo z laserjem, v treh letih popolnoma brez lezij.
Kirurško odstranjevanje kondilomskih lezij vključuje izrezovanje tkiva iz telesa s skalpelom in se lahko izvede v lokalni ali splošni anesteziji. Ta metoda zdravljenja kondilomov je običajno rezervirana za obsežne ali odporne bolezenske procese, po odstranitvi lezije pa bodo morda potrebni šivi. Študije kažejo, da do 72 % bolnikov, ki so bili podvrženi kirurški odstranitvi, v enem letu ostane brez lezij.