Različne vrste zdravljenja hidronefroze so na splošno odvisne od lokacije ovire, saj je začetni cilj odvajanje morebitnega ujetega urina. Ko je urin odstranjen, se zdravljenje preusmeri na zagotavljanje, da se težava ne ponovi. Zdravljenje hidronefroze se običajno začne tako, da se v telo vstavi kateter ali cev, da se odteče tekočina. Ko je to končano, je treba blokado pogosto odstraniti, običajno s kirurškim posegom.
Odstranitev morebitnega ujetega urina in lajšanje pritiska na ledvice je primarni cilj zdravljenja hidronefroze, saj je to pomembno pri preprečevanju poškodb ledvic. Pogosto se to doseže s katetrom, ki se vstavi v mehur. Vendar pa zdravljenje kopičenja urina včasih vključuje vstavljanje mehkih cevk neposredno v ledvico. V večini primerov bo zamašitev zgornjega urinarnega trakta zahtevala cev, medtem ko zamašitev v spodnjem delu zahteva kateter.
Odvajanje urina iz ledvic je bistven del zdravljenja hidronefroze, vendar ne rešuje osnovne težave. Zamašitev je običajno treba odstraniti, sicer se bo urin sčasoma ponovno kopičil. Vsi primeri ne zahtevajo kirurškega posega, vendar ga večina.
Tako kot pri drenažnem postopku je tudi vrsta operacije za hidronefrozo odvisna od lokacije blokade. Vendar pa je zdravljenje hidronefroze za odpravo blokade bistveno; če ostane dlje časa, lahko stanje povzroči trajno okvaro ledvic. V preteklosti so se uporabljale odprte ali laparoskopske kirurške tehnike, vendar je endoskopska kirurgija zdaj pogostejša za to stanje in je običajno manj invazivna.
Če je blokada posledica zožitve sečevoda, ki je cev, ki prenaša urin v mehur, bo morda potrebna operacija za odstranitev tega dela. Če je stanje posledica kamna v ledvicah, je pogosto potrebna tudi odstranitev. Mnogi ljudje si po operaciji hidronefroze popolnoma opomorejo, če se stanje odkrije relativno zgodaj.
Pravilno zdravljenje je odvisno tudi od resnosti stanja in od tega, ali je kronično ali akutno. Če je stanje kronično, kar pomeni, da se razvija počasi, potem zdravljenje običajno ni nujno, ampak se bo moralo zgoditi v določeni fazi. Če so simptomi bolj akutni, bo morda treba hitreje izvesti drenažo urina, da preprečimo dolgotrajno poškodbo ledvic.