Avtoimunske bolezni povzročijo, da imunski sistem telesa napade zdrave celice in tkiva, ki jih zamenjamo za obolelo tkivo ali škodljive celice. Obstaja veliko različnih vrst avtoimunskih bolezni in pogosto zahtevajo različne metode zdravljenja. Katere dele telesa prizadene bolezen, pomagajo zdravnikom ugotoviti, kateri pristopi zdravljenja bi bili najboljši. Najpogosteje prizadeti deli telesa so ščitnica, trebušna slinavka, mišice, koža, krvne žile in sklepi. Zdravljenje avtoimunskih bolezni lahko vključuje imunosupresivna zdravila, hormone, dodatke, transfuzije krvi in fizikalno terapijo.
Imunosupresivna zdravila se uporabljajo v številnih načrtih zdravljenja avtoimunskih bolezni. Ta zdravila zmanjšujejo napade imunskega sistema na organe, sklepe, mišice in druga tkiva. Imunosupresivna zdravila lahko pri nekaterih bolnikih povzročijo resne neželene učinke, zato jih je treba jemati natančno tako, kot je predpisano, bolnike, ki jemljejo ta zdravila, pa morajo zdravniki skrbno spremljati glede znakov težav z ledvicami ali jetri. Bolniki, ki jemljejo imunosupresivna zdravila za zdravljenje avtoimunskih bolezni, so lahko bolj nagnjeni k resnim okužbam, zato morajo sprejeti previdnostne ukrepe, da ostanejo zdravi in obiščejo zdravnika, če zbolijo ali razvijejo okuženo rano.
Hormoni in dodatki lahko pomagajo nadomestiti pomanjkljivosti zaradi avtoimunske bolezni. Glede na vrsto bolezni bodo bolniki morda potrebovali dodatek za ščitnico, injekcije insulina ali vitaminske dodatke kot del zdravljenja avtoimunskih bolezni. Bolniki z avtoimunskimi boleznimi ne smejo jemati nobenih dodatkov, zelišč ali vitaminov, razen če jim to priporočajo zdravniki, saj lahko te snovi spremenijo delovanje organov in način delovanja imunskega sistema.
Bolniki z diagnozo avtoimunske bolezni, ki prizadene kri, bodo morda morali na redne transfuzije krvi. Nekatere bolezni povzročijo, da imunski sistem napade rdeče krvne celice telesa, ki prenašajo kisik po telesu. Transfuzije krvi lahko povzročijo zaplete, vključno s prenosom bolezni, ki se prenašajo s krvjo, alergijsko reakcijo in kopičenjem železa, ki lahko poškoduje jetra in srce. Kelacijska terapija, ki odstrani odvečno železo, bo morda potrebna v povezavi s transfuzijo krvi za zdravljenje avtoimunskih bolezni pri nekaterih bolnikih.
Fizikalna terapija lahko pomaga zmanjšati bolečino in oteklino ter povečati mobilnost pri bolnikih z boleznimi, ki prizadenejo mišice in sklepe. Nesteroidna protivnetna zdravila, kot sta ibuprofen in naproksen, lahko prav tako pomagajo zmanjšati vnetje, povezano z napadi imunskega sistema na ta mehka tkiva. Mnogi bolniki z avtoimunskimi boleznimi morajo za zdravljenje obiskati zdravnike, ki so specializirani za določeno področje telesa, na primer revmatologi za sklepe in mišice ali endokrinologi za avtoimunske bolezni, povezane s ščitnico in trebušno slinavko.