Skenerji prstnih odtisov se uporabljajo za različne namene varnosti in zbiranja podatkov, od identifikacije zapornikov do omogočanja dostopa do informacij ali območij visoke varnosti. Vrste sistemov za zaščito prstnih odtisov vključujejo optični, silikonski čip, ultrazvok in termični. Ko je oseba prepoznana z varnostnim sistemom prstnih odtisov, se lahko dovoli dostop do nečesa. Na primer, slika prstnega odtisa se lahko uporabi namesto vnesenega gesla za računalniški sistem ali pa nadomesti kartice s potegom, ki se uporabljajo za dostop do stavbe.
Prvi korak za vsak sistem je zajeti razločno sliko prstnega odtisa. Optični bralnik prebere prstni odtis in zabeleži njegove značilnosti – zlasti edinstvene oznake na sredini prstnega odtisa. Slika prstnega odtisa se nato shrani kot predloga za prihodnje prepoznavanje.
Ena vrsta zaščite prstnih odtisov uporablja optični optični bralnik, kot je kamera, da posname sliko prstnega odtisa. Kamera osvetli robove prstnega odtisa, posname sliko in nato naredi inverzno črno-belo sliko. Kamera samodejno opravi več skeniranj prstnega odtisa, da zagotovi shranjeno jasno sliko. Pretemno ali presvetlo sliko bo težko prebrati. Če se to zgodi, bo kamera optičnega optičnega bralnika še naprej snemala slike, dokler slike ne bodo jasne.
Optični skenerji prstnih odtisov obstajajo že vrsto let. Pogosto se uporabljajo v poslovne namene. Prednosti optičnih senzorjev vključujejo njihovo relativno nizko ceno in zgodovino precej natančne. Ena od pomanjkljivosti so lahko težave pri pridobivanju jasne slike prstnega odtisa.
Tehnologija, uvedena v devetdesetih letih prejšnjega stoletja, uporablja silicijeve čipe za prepoznavanje prstnih odtisov. Deluje tako, da oddaja šibek električni tok, ki zazna in prepozna razlike v vzorcu na prstnem odtisu. To vrsto varnostne tehnologije najpogosteje najdemo v prenosnih računalnikih in drugih majhnih elektronskih napravah.
Tretja vrsta varnostnega skenerja prstnih odtisov uporablja ultrazvok – visokofrekvenčni zvok – za prepoznavanje prstnega odtisa. Prednost ultrazvočnih senzorjev je, da nanje ne vpliva umazanija na prstu ali senzorski blazinici. Za dobro sliko pa je treba vzpostaviti dober stik med prstom in senzorsko ploščo.
Termični skenerji prstnih odtisov delujejo tako, da merijo temperaturne razlike, ki jih vsebujejo vzorci prstnega odtisa. Ponujajo visoko raven varnosti. Za razliko od nekaterih drugih vrst je te skenerje težko pretentati z umetnimi prsti.
Poleg identifikacije zapornikov ali ljudi, ki imajo dostop do računalniških omrežij, se varnostni skenerji prstnih odtisov lahko uporabljajo v različnih aplikacijah. Ti vključujejo nacionalne identifikacijske sisteme, identifikacijo izgubljenih ali pogrešanih otrok, potne liste, evidenco volivcev, bančne transakcije za kreditne ali debetne kartice in kazenske evidence.