Nekateri ljudje lahko trdijo, da je računalnik z operacijskim sistemom Windows® bolj nagnjen k zlonamernim napadom kot drugi operacijski sistemi. Hekerji in tatovi lahko uporabljajo viruse, trojance, vohunsko programsko opremo in drugo zlonamerno programsko opremo za infiltriranje in krajo informacij iz osebnega računalnika. Za boj proti temu je Microsoft Corporation razvila varnostno programsko opremo, namenjeno zagotavljanju varnosti računalnikov z operacijskimi sistemi Windows®. Nekatere od različnih vrst varnostne programske opreme Windows® so požarni zid Windows®, Windows® Defender, orodje za odstranjevanje zlonamerne programske opreme in Windows Live® OneCare™. Ko kupujete ali prenašate te programske izdelke, morate paziti, da prenesete uradno različico programske opreme, saj so nekateri ljudje razvili lažno programsko opremo za zaščito pred zlonamerno programsko opremo, zasnovano tako, da izgleda kot original.
OneCare™ je varnostna programska oprema Windows®, namenjena zaščiti osebnega računalnika (PC) pred različnimi napadi. Sestavljen je iz več različnih vrst programov, ki delujejo skupaj, da preprečijo neželene datoteke v sistemu. Nekateri programi, ki jih OneCare™ vključuje, so protivirusni program, program proti vohunski programski opremi in dvosmerni požarni zid. Od 15. oktobra 2009 OneCare™ ne bo več naprodaj in bo na voljo samo obstoječim naročnikom za čas njihove naročnine. Microsoft® Corporation bo začela ponujati Microsoft® Security Essentials, drugo orodje, zasnovano za zaščito računalnikov pred različnimi oblikami zlonamerne programske opreme.
Druga varnostna programska oprema Windows® je Windows&ref; Branilec. Ta program je opremljen z operacijskim sistemom Windows Vista® in ga je mogoče prenesti za Windows XP® SP2 in Windows Server 2003® SP1. Windows® Defender pomaga odstraniti ali blokirati pojavne oglase, vohunsko programsko opremo in drugo neželeno programsko opremo iz računalnikov. Orodje za odstranjevanje zlonamerne programske opreme je varnostni program Windows®, ki odstrani zlonamerno programsko opremo in deluje v operacijskih sistemih, kot so Windows Vista®, Windows 2000®, Windows XP® in Windows Server 2003®. Da bi bil v koraku s količino zlonamerne programske opreme na trgu, Microsoft izda posodobljeno različico izdelka vsaj vsak drugi torek v mesecu.
Drugi varnostni program, zasnovan za številne operacijske sisteme Windows®, je požarni zid Windows®. Požarni zid je program, ki poskuša vsem nepooblaščenim dostopom preprečiti vstop v računalniški sistem. Opozoriti je treba, da je treba biti previden pri pridobivanju ustreznih izdelkov za varnostno programsko opremo Windows®, ker v kibernetskem prostoru polni pokvarjenih programov, ki so zasnovani tako, da izgledajo kot prava stvar. Da se zaščitite, se prepričajte, da ne zaupate nobenemu programu, ki ga niste odprli sami, in ne zaupajte nobenemu programu, ki zahteva, da kupite licenco za odstranjevanje najdenih okužb, saj je to pogosto samo prevara, namenjena kraji vašega denarja in prenosu. programsko opremo, ki bi lahko še dodatno poškodovala vaš računalnik. Namesto tega se prepričajte, da imate v računalniku zanesljivo programsko opremo proti zlonamerni programski opremi, jo vedno posodabljajte ter redno skenirajte in varnostno kopirajte računalnik.