Obstaja veliko različnih težav z računalništvom v oblaku, ki so se pojavile v 2000-ih in 2010-ih, ko je računalništvo v oblaku postalo bolj razširjeno. Nekateri največji pomisleki so tisti, ki se nanašajo na nadzor in varnost osebnih podatkov, ki so prepuščeni varovanju podjetja v oblaku in zunaj varnosti posameznikovega lastnega strežnika. Čeprav se pomisleki še vedno pojavljajo, si ponudniki v oblaku prizadevajo rešiti težave z računalništvom v oblaku, preden postanejo neprijetnost za njihove stranke.
Ena največjih težav z računalništvom v oblaku je varnost. Ponudniki v oblaku na svojih strežnikih gostijo veliko količino podatkov in mnogi ljudje in podjetja so zaskrbljeni, da bi lahko tat ali nekdanji zaposleni vdrl v podatke, shranjene na oddaljenih lokacijah. Ponudniki pa v varnost vlagajo veliko sredstev, pogosto več, kot bi jih povprečna oseba ali podjetje.
Prenos podatkov iz enega računalnika ali sistema v drugega je še ena od težav z računalništvom v oblaku, ki skrbi veliko ljudi. Z ustvarjanjem in uporabo več programov in formatov je treba podatke enostavno prenašati iz enega sistema v drugega. Čeprav obstajajo ponudniki v oblaku, ki shranjujejo podatke na načine, ki nekaterim operacijskim sistemom otežujejo pridobivanje, mnogi ponudniki uporabljajo formate, ki se zlahka pretvorijo med operacijskimi sistemi in programi. To je znano kot podpora za več platform.
Možnost dostopa do podatkov je še ena od težav z računalništvom v oblaku. Pri računalništva v oblaku so podatki shranjeni na oddaljenih strežnikih v lasti ponudnika in do njih dostopamo prek interneta. Motnje v internetnih storitvah ali v delovanju strežnikov lahko moti uporabnikovo zmožnost dostopa do svojih podatkov. Ponudniki v oblaku predvidevajo takšne motnje in jih poskušajo nadomestiti z rezervnimi sistemi in strežniki, do katerih lahko odjemalec dostopa, če primarni ne delujejo.
Drugo vprašanje računalništva v oblaku je lastništvo podatkov in pravic intelektualne lastnine. Sporazumi med ponudnikom oblaka in naročnikom opisujejo pravna vprašanja, ki lahko nastanejo, če si obe strani izpodbijata lastništvo informacij, shranjenih v oblaku. Večina ponudnikov v oblaku ima pogodbe, v katerih je jasno navedeno, da je vsaka lastnina, ki jo stranka postavi v oblak, še naprej v lasti stranke.