Obstajajo različne vrste težav z morskimi prašički, od katerih so nekatere lahko dovolj resne, da zahtevajo veterinarsko oskrbo. Bolezni prebavil so pogoste pri hišnih morskih prašičkih, prav tako puljenje krzna. Pri nekaterih morskih prašičkih lahko samopohabljanje s trganjem dlake in kože povzroči okužbo. To se lahko pojavi zaradi nedejavnosti ali dolgočasja, neustrezne prehrane ali slabih bivalnih razmer. Težave morskega prašička lahko vključujejo tudi okužbo s pršicami, ki se lahko prenašajo z enega glodalca na drugega.
Morski prašički so običajni hišni ljubljenčki in čeprav so ponavadi odporni, so dovzetni za nekatere bolezni. Ena najpogostejših težav z morskim prašičkom je napihnjenost in driska. To je lahko posledica bakterijske okužbe ali parazitov. Ne glede na vzrok lahko huda driska pri morskem prašičku povzroči smrtno nevarno dehidracijo. V tem primeru je potrebna peroralna hidracijska raztopina, priporočljiva pa je lahko tudi sprememba prehrane.
Ko se prehrana morskega prašička nenadoma spremeni, lahko žival popolnoma preneha jesti. Težave morskega prašička, povezane z anoreksijo, so lahko tudi življenjsko nevarne. To stanje ni nenavadno pri morskih prašičkih in hitra izguba teže je lahko usodna, če se ne poišče intervencija. Veterinar lahko priporoči krvne preiskave, da izključi prisotnost bolezni.
Ni nenavadno, da težave z morskim prašičkom vključujejo težave z zobmi. Morski prašički z zaraščenimi molarji lahko trpijo zaradi prehranske pomanjkljivosti zaradi nenaklonjenosti živali. V takem primeru bo veterinar morda moral glodalcem obrezati zobe. Veterinarji uporabljajo posebne instrumente za pregled in striženje sekalcev morskega prašička.
Lastniki hišnih ljubljenčkov, ki imajo starejše morske prašiče, lahko opazijo neprijeten vonj iz rektalne površine živali. To je lahko posledica tega, kar je znano kot rektalni udarec zaradi mehkega blata, ki je pogost pojav pri starejših glodalcih. Nežno čiščenje lahko pomaga odstraniti fekalne snovi, ki obdajajo rektalno območje. V nekaterih primerih pa bo morda moral morskega prašička zdraviti veterinar.
Bolezni dihal, kot je pljučnica, so pogoste pri starejših morskih prašičkih ali živalih z obstoječim zdravstvenim stanjem. Bakterijska pljučnica je lahko smrtna, če se ne zdravi pravočasno. Če sta dva ali več morskih prašičkov v eni kletki, se lahko okužba hitro razširi med glodalci. Nujno je redno razkuževati kletke in posodo za hranjenje, da preprečimo širjenje bolezni med hišnimi morskimi prašiči.