Čeprav ima javni prevoz svoje prednosti, ima tudi številne težave. Številna vozila javnega prevoza so na primer gneča, kar lahko olajša širjenje bolezni. Uporaba javnega prevoza je lahko za nekatere tudi neprijetna ali neprijetna. Tudi na nekaterih področjih lahko vlade ugotovijo, da stroški delovanja in vzdrževanja javnega prevoza odtehtajo dohodek, ustvarjen z njim.
Mnogi ljudje verjamejo, da je ena največjih težav javnega prevoza pomanjkanje zasebnosti. Nekateri menijo, da so avtobusi in podzemne železnice preprosto preveč natrpani. Pri osebnem vozilu po drugi strani to običajno ni problem. Oseba se lahko vozi ali vozi do cilja, ne da bi jo drugi ljudje udarili ali na splošno vznemirili.
Klici so še ena resnejših težav javnega prevoza. Ker so ljudje pogosto zelo blizu drug drugemu, so bolj izpostavljeni tveganju, da zbolijo, če uporabljajo javni prevoz kot osebno vozilo. Virusi prehlada in gripe se na primer lahko prenašajo z ene osebe na drugo bodisi z neposrednim stikom z kontaminirano površino ali iz zraka, na primer, ko oseba kihne. Pred in po vožnji z javnim prevozom je priporočljivo umivanje rok ali uporaba razkužila za roke.
Biti zaprt na tako omejenem območju z več drugimi ljudmi je za nekatere tudi precej neprijetno. To ogroženo udobje se pogosto šteje za eno od težav javnega prevoza. Tudi, če je v avtobusu ali podzemni železnici preveč hladno ali toplo, se lahko v osebnem vozilu prižgejo grelci ali klimatske naprave. Uporaba osebnega vozila prinaša tudi razkošje poslušanja glasbe ali novic na radiu med vožnjo.
Poleg drugih težav z javnim prevozom veliko ljudi ne uporablja javnega prevoza, ker je zanje neprijeten. Številna vozila javnega prevoza vozijo po strogih urnikih in ti časi postanka ne bodo vedno sovpadali z urnikom osebe. Tudi, če avtobus ali vlak zamuja, bodo zamujali tudi vsi potniki. Pri uporabi osebnega vozila za prevoz voznik sam nadzoruje, kam in kdaj kam gre.
Eden največjih problemov javnega prevoza za nekatere lokalne oblasti so stroški delovanja in vzdrževanja teh sistemov. Nekateri od teh stroškov vključujejo gorivo, plače voznikov in vzdrževanje vozil. Na območjih z majhnim prebivalstvom dohodek, ustvarjen s potniki, morda ne bo vedno zadosten za kritje teh stroškov. Za pokritje razlike bo takrat pogosto potreben državni denar.