Stranski učinki klorheksidina so raznoliki, saj se ta antiseptik uporablja v različnih pripravkih. Običajno ga najdemo v nekaterih izpiralcih za usta, v milih ali tekočinah za kirurške pripravke ter v raztopinah za kontaktne leče. Razen če ima oseba sistemsko reakcijo na snov, kot je anafilaktični šok, se večina reakcij pojavi lokalno, kjer pride klorheksidin v stik s telesom. Če se pojavi neželen učinek, izpiranje ust običajno povzroči simptome v ustih, mila povzročijo kožne reakcije, kontaktne leče ali raztopine za očesne kirurške posege pa verjetno vplivajo na oči.
Vsakdo, ki je alergičen na to kemikalijo, lahko doživi sistemsko reakcijo na njeno uporabo v kakršni koli obliki. Znaki tega najredkejšega stranskega učinka klorheksidina vključujejo težave z dihanjem in koprivnico. Pogoste so tudi otekanje ust, obraza in jezika. Ti simptomi zahtevajo takojšnjo zdravniško pomoč.
V drugih primerih se stranski učinki klorheksidina ponavadi pojavijo na območju, kjer pride do izpostavljenosti. Pri peroralnih izpiranjih so na primer opazili neželene učinke, kot so povečane obloge, rjavo ali črno obarvanje zob in rane v ustih. Hrana in pijača imata lahko drugačen okus ali pa se lahko pojavijo neželeni učinki, kot je bel jezik ali krvaveče dlesni. Požiranje ustne vode, ki ni priporočeno, lahko povzroči tudi želodčne simptome, kot so gastrointestinalne motnje in bolečine, ali v redkih primerih kolitis.
Neželeni učinki klorheksidina, ki so povezani s stikom s kožo, pogosto vključujejo izpuščaj. Nekateri bolniki opazijo pekoč ali luščenje kože. Ponavljajoča uporaba pa lahko povzroči stalno draženje ali srbenje. Nekateri ljudje zaradi redne uporabe razvijejo kontaktni dermatitis in morajo preiti na milo, ki nima te sestavine. Živali imajo lahko tudi draženje kože zaradi klorheksidina, ker se kemikalija lahko uporablja za čiščenje ran v veterinarski praksi.
Številni očesni kirurgi uporabljajo pripravke s klorheksidinom za čiščenje in pripravo oči na operacijo. Ti so lahko povezani z večjim tveganjem stranskih učinkov, ker je kemikalija prisotna v večjih količinah. Nekateri neželeni učinki, povezani z izpostavljenostjo, vključujejo razjede roženice, bolečine v očeh ali draženje in otekanje veznice, sluznice, ki pokriva belo oči. V redkih primerih lahko poškodbe oči zahtevajo popravilo roženice.
Količina te kemikalije, ki se uporablja v raztopinah za kontaktne leče, je manjša. Kljub temu nekateri doživljajo stranske učinke klorheksidina, vključno z bolečino v očeh ali draženjem oči. Če se ti simptomi nadaljujejo, ljudem svetujemo, da se pogovorijo z zdravniki ali vsaj preidejo na raztopino za kontaktne leče, ki ne vsebuje klorheksidina.