Obstajajo tri pomembne različne vrste sistema prstnih odtisov. Eden je vrsta sistema, ki se uporablja za zbiranje in obdelavo prstnih odtisov. Drugi je tip sistema, ki omogoča identifikacijo prstnih odtisov, ki nimajo znanega lastnika. Tretji je vrsta sistema, ki omejuje ali omejuje dostop do določenega mesta, stroja ali zbirke informacij na podlagi identitete. Četrta vrsta kompleta pa je otroška različica kompleta za identifikacijo prstnih odtisov, ki je zasnovan tako, da nadobudnim znanstvenikom omogoči okus forenzične znanosti.
Dolgo časa je bil ključni del sistema prstnih odtisov za zbiranje prstnih odtisov črnilna ploščica. V zadnjem času so se začeli uporabljati sistemi brez črnila. Ta vrsta sistema se uporablja predvsem za prosilce za zaposlitev, za licence in dovoljenja, za priseljevanje in za rezervacijo osumljencev. Sistemi so običajno izdelani po vsaj eni od specifikacij primarnih sistemov za identifikacijo prstnih odtisov, tako da jih je mogoče uporabljati v povezavi. Poleg tega so sistemi običajno zaprti v kompletu iz trpežne plastike z ročajem, zaradi česar je lahko prenosljiv.
Druga vrsta sistema prstnih odtisov poskuša uskladiti enega ali več prstnih odtisov, zbranih s kompletom za zbiranje ali dvignjenih s kraja zločina, z zbirko identifikacijskih zapisov prstnih odtisov, shranjenih v bazi podatkov. Ker te baze podatkov vsebujejo meritve fizičnih lastnosti posameznikov, jih imenujemo biometrične baze podatkov.
Dve pomembni bazi podatkov, ki služita tej funkciji v ZDA, sta integrirani avtomatizirani sistem za identifikacijo prstnih odtisov (IAFIS) in avtomatizirani biometrični identifikacijski sistem naslednje generacije (NGA) (NGA). IAFIS je nacionalna baza podatkov, ki vključuje ne le podatke o prstnih odtisih, temveč tudi kriminalno zgodovino. Vzdržuje ga Oddelek za informacijske storitve Zveznega preiskovalnega urada (FBI) (CJIS). Države imajo lahko lastno izvajanje AFIS. Tudi druge države imajo svoje sisteme. ABIS, ki je zgrajen za sinhronizacijo z IAFIS, je projekt Ministrstva za obrambo (DoD), ki ga je zasnoval, zgradil in vzdržuje podjetje Lockheed Martin Corporation.
Sistem prstnih odtisov se lahko uporablja za varnost v različnih situacijah. Elektronski čitalniki prstnih odtisov se lahko uporabljajo za varovanje računalnikov in dostopa do objektov, posebnih prostorov v objektih ali vozila. Delno zato, ker so bili takšni sistemi izpostavljeni zlorabi, se zdaj uporabljajo različice. Ena različica je, da se vsaki osebi izda osebna naprava, ki se nosi in uporablja za preverjanje identitete njenega lastnika. Geometrija roke, skeniranje mrežnice in šarenice, analiza glasu in prepoznavanje obraza tekmujejo s sistemi prstnih odtisov, pri čemer se skenerji šarenice štejejo za boljše od vseh drugih, razen skeniranja mrežnice, ki naj bi bila najboljša.