Protivirusna programska oprema za strežnike deluje na podoben način kot protivirusna programska oprema za posamezne računalnike. Vrste zaščite pred virusi za strežnike vključujejo skeniranje v realnem času, pakete za zaščito pred vohunsko in zlonamerno programsko opremo ter programe za popolno skeniranje in odstranjevanje datotek. Nekateri protivirusni programi delujejo na določenih vrstah strežnikov, kot so strežniki SQL in proxy strežniki. Večina programov za zaščito pred virusi za strežnike aktivno spremlja internetni promet in prenos datotek.
Pomembna vrsta protivirusne programske opreme za strežnike je skeniranje v realnem času. Ta vrsta programske opreme je lahko funkcija v celotnem paketu za zaščito pred virusi ali samostojna aplikacija. Programska oprema za skeniranje v realnem času aktivno pregleduje vse datoteke in komunikacije, ki potekajo skozi internetna in intranetna komunikacijska vrata. Če aplikacija zazna grožnjo ali sumljiv naslov internetnega protokola (IP), ga blokira ali da v karanteno.
Nastavitve programa za skeniranje virusov v realnem času je mogoče konfigurirati glede na potrebe organizacije. Skrbniki omrežja so običajno odgovorni za določanje, katere vrste protivirusnih programov so potrebni. Skrbnik lahko prilagodi aplikacijo za skeniranje, da išče določene vrste datotek in naslove IP. Večina aplikacij za skeniranje, shranjenih na strežniku, lahko pregleda ves promet na posameznih strojih, ki so povezani v lokalno ali širše omrežje.
Priljubljena in bistvena vrsta protivirusne programske opreme za strežnike je aplikacija, ki išče virusne programe v vseh shranjenih datotekah. Takšna aplikacija, ki je vključena v večino teh programskih paketov, redno pregleduje datoteke, ki že obstajajo. Skrbniki omrežja lahko nastavijo določene ure in dneve za zagon aplikacije, kar bo odstranilo tudi nalezljive programe iz obstoječih datotek. Program običajno posreduje nekakšno obvestilo skrbniku, ki bo morda moral izbrisati okužene datoteke, da popolnoma odstrani virus.
Aplikacije za proaktivno skeniranje so še ena vrsta protivirusne programske opreme za strežnike. Te vrste aplikacij iščejo strežnike za morebitne vrzeli, zaradi katerih so lahko dovzetni za vdore. Poleg iskanja potencialne ranljivosti lahko te aplikacije zagotovijo ustrezne popravke, ki lahko okrepijo obrambo strežnika pred neželenimi napadi.
Protivirusna programska oprema za strežnike je lahko prilagojena vrsti strežnika, ki se uporablja. Različni strežniški programi predstavljajo različne težave z združljivostjo in varnostjo. Program za zaščito pred virusi lahko na primer moti hitrostne zmogljivosti strežnika. Strežniki SQL ali jezikovne strukture strukturiranih poizvedb so lahko izpostavljeni večjemu tveganju, če se uporabljajo v javnem lokalnem omrežju ali obdelujejo tako e-pošto kot internetni promet. Iz tega razloga so morda primernejši paketi protivirusne programske opreme, ki vključujejo zaščito pred več načini vdorov.