Računalniški programi z namenom iskanja računalniških datotek za računalniške viruse in odstranjevanja teh virusov se imenujejo protivirusna programska oprema. Obstaja veliko različnih vrst protivirusnih programov, ki so optimizirani za različne namene in različne vrste elektronskih naprav. Nekatere vrste, na primer, nenehno delujejo v ozadju z namenom prepoznati in odstraniti katero koli datoteko, ki vsebuje virus, preden lahko povzroči kakršno koli škodo. Drugi so namenjeni občasnemu iskanju virusov po vseh računalniških datotekah po urniku, ki ga določi uporabnik, brez neprekinjenega izvajanja v ozadju. Poleg tega so nekatere vrste protivirusnih programov zasnovane posebej za določene računalniške operacijske sisteme, medtem ko so druge optimizirane za računalniška omrežja ali mobilne naprave.
Ena od glavnih razlik med različnimi vrstami protivirusne programske opreme je cena. Številne vrste delujejo na podlagi naročnine in od uporabnikov zahtevajo, da plačajo mesečno ali letno pristojbino, da še naprej prejemajo posodobitve. Drugi so popolnoma brezplačni, vendar ne zagotavljajo, da bodo posodobitve tako redne ali zanesljive. Ne glede na to, običajno delujejo primerljivo in na splošno zadostujejo za vzročnega uporabnika računalnika. Pogoste posodobitve, ki jih zagotavljajo naročniške storitve, so pogosto primerne za podjetja, ki morajo biti še posebej previdna pri zaščiti in ohranjanju podatkov, shranjenih v njihovih računalniških sistemih.
Nekatere vrste protivirusnih programov temeljijo na oblaku, druge pa so v celoti shranjene v lokalnem računalniškem sistemu. Sistemi v oblaku shranijo večino informacij, potrebnih za skeniranje računalnika glede virusov, na zunanji strežnik. Če pa virus onemogoči računalniku dostop do interneta, te vrste protivirusnih programov niso posebej uporabne. Protivirusni programi, ki so shranjeni na lokalnem trdem disku računalnika, nimajo te težave, vendar zavzamejo več prostora na trdem disku in jih je treba redno ročno posodabljati, da bodo v koraku z novimi virusnimi grožnjami.
Nekatere specifične računalniške viruse je lahko še posebej težko odstraniti, zato so nekatere vrste protivirusnih programov zelo specializirane za nevtralizacijo takšnih računalniških groženj. Na splošno je treba takšno programsko opremo namestiti po okužbi s specializiranimi virusi. Te vrste protivirusnih programov lahko nato izvajajo postopke, potrebne za odstranitev virusa. Glavna težava s takšnimi programi je, da številni bolj zlonamerni virusi zelo otežujejo namestitev nove programske opreme, medtem ko je virus aktiven.