Programsko opremo za avtomatsko trgovanje je mogoče razvrstiti glede na trg, na katerem trguje, ali glede na vrsto uporabnika. Splošne vrste trga so delnice, blago in valuta. Uporabniki so bodisi posamezni trgovci bodisi veliki trgovalni skladi. Posamezni trgovci pogosto uporabljajo maloprodajno programsko opremo, skladi pa razvijajo svojo.
Skladno trguje z delnicami, valutami in terminskimi pogodbami na blago z uporabo algoritmov, ki so jih razvili in vključili v svojo programsko opremo za avtomatsko trgovanje. Natančna mehanika teh algoritmov je skrbno varovana. Skladi za trgovanje z delnicami pogosto uporabljajo tako imenovane algoritme zagona, pogosto v kombinaciji s trgovanjem s pari. Algoritmi zagona izkoriščajo kratkoročne spremembe cen v velikih količinah. Trgovanje s pari pomeni, da izberete dve delnici v istem sektorju, nato kupite močnejšo in skrajšate šibkejšo.
Skladi za trgovanje z valutami so nagnjeni k uporabi algoritmov, ki temeljijo na zaznavanju rasti cen in nestanovitnosti v eni smeri. Značilnosti distribucije cen valutnega trga omogočajo, da je ta pristop uspešen, medtem ko je pri trgovanju z delnicami obroben. Trgovanje z zagonom se uporablja v nekateri programski opremi za avtomatsko trgovanje, ki sredstva uporabljajo za trgovanje s terminskimi pogodbami za žito. Vsaj en sklad uporablja fiziko dinamike tekočin za trgovanje s terminskimi pogodbami na borznem trgu.
Nasprotno pa maloprodajna programska oprema ponuja lep videz na računalniškem zaslonu v kombinaciji z možnostjo oddaje več naročil hkrati s pritiskom na zaslonski gumb in trdijo, da je to »avtomatizirana« programska oprema za trgovanje. Trgovec mora še vedno spremljati trg, se odločiti, katere delnice, terminske pogodbe ali valute spadajo v njegovo košarico, s katero se trguje z gumbi, in se nato odločiti, kdaj bo začel trgovati. Nekatera maloprodajna programska oprema ponuja vmesnik za kodiranje, ki ga lahko trgovec uporabi za pisanje in preizkušanje lastnih algoritmov.
Druga vrsta programske opreme za avtomatizirano trgovanje na drobno se imenuje trgovanje s črno skrinjico. Kupcu se ne razkrijejo algoritmi, ki jih uporablja programska oprema, in pogosto mu ni zagotovljena primerna priložnost, da preveri, ali je programska oprema dejansko dobičkonosna. Kupce prosimo, da sprejmejo z vero, da je bila programska oprema v preteklosti dobičkonosna in bo tudi v prihodnosti. Trgovalni sistemi s črno skrinjico so na voljo za trgovanje z delnicami, terminskimi pogodbami na blago in valuto.
Skladi, ki uporabljajo programsko opremo za avtomatsko trgovanje, jo obsežno testirajo. Za preverjanje, ali je sistem v laboratoriju donosen, uporabljajo tako zagonsko testiranje kot Monte Carlo. Ko najdejo algoritme, ki uspejo v njihovem režimu testiranja, ga testirajo v realnem času. Programska oprema, ustvarjena s skladi, nadzoruje vse vidike trgovanja: določa, koliko trgovati, kaj trgovati in kdaj trgovati, ter odda naročila neposredno na borzo. Posamezni trgovec mora posnemati strategijo testiranja skladov, če želi imeti razumne možnosti za dobičkonosno trgovanje.