Zdravniki pediatrične interne medicine se lahko odločijo za nadaljevanje študija tako, da izberejo eno ali več podspecialistov. Tako kot zdravniki, ki se osredotočajo na bolezni odraslih, lahko pediatri izberejo medicinsko posebnost na številnih področjih. Endokrinologija, gastroenterologija, nalezljive bolezni, hematologija, onkologija in revmatologija so med najbolj priljubljenimi podspecialnostmi, ki jih izberejo zdravniki, ki izvajajo pediatrično interno medicino.
Endokrinologi so specializirani za bolezni, ki prizadenejo žleze in proizvodnjo hormonov v telesu. Mladoletni diabetes je en primer bolezni žlez; nastane zaradi nezmožnosti trebušne slinavke, da proizvede ustrezno količino inzulina, ki ga telo potrebuje za uporabo sladkorja v krvi. Druga stanja, ki jih lahko zdravi pediatrični endokrinolog, vključujejo motnje ščitnice, hipofize ali nadledvične žleze. Endokrinolog lahko zdravi tudi bolnike z motnjami, ki vključujejo moda ali jajčnike, zlasti težave, ki se razvijejo v času pubertete. Pediatrični endokrinologi zdravijo tudi otroke, ki ne rastejo pravilno ali imajo težave s težo.
Gastroenterologi obravnavajo težave, ki vključujejo prebavni sistem, pri čemer se osredotočajo predvsem na motnje, ki prizadenejo črevesje, želodec in črevesje. Gastroenterološka praksa vključuje tudi bolezni, ki prizadenejo žolčnik, jetra in trebušno slinavko. Zlatenica, hepatitis in kolitis so med boleznimi, ki jih lahko zdravi pediatrični gastroenterolog.
Zdravniki, ki so specializirani za nalezljive bolezni, se osredotočajo na bolezni, ki zavirajo imunski sistem. Bolezni lahko povzročijo virusi, paraziti, bakterije ali glive. Specialisti za nalezljive bolezni so strokovnjaki za to, kako se okužbe širijo, kako se imunski sistem telesa bori proti okužbam in zdravila, ki se uporabljajo za zdravljenje okužb. Nekateri zdravniki pediatričnih nalezljivih bolezni se odločijo za specializacijo za bolnike, rojene z virusom humane imunske pomanjkljivosti (HIV). Drugi se osredotočajo na bolezni, ki so najbolj razširjene pri otrocih, kot sta davica in ošpice.
Hematologi zdravijo bolezni, ki prizadenejo kri, kot sta srpastocelična bolezen in anemija. Onkologi so specialisti za zdravljenje raka. Nekateri zdravniki pediatrične interne medicine se odločijo združiti oboje in izberejo otroško hematologijo/onkologijo kot podspecialnost. Ti zdravniki zdravijo otroke z levkemijo, tumorji in rakom.
Čeprav je revmatologija predvsem študij mišic, kosti in sklepov, nekateri pediatrični revmatologi vključijo podspecialnost s pediatrično interno medicino. Bolezni, kot je juvenilni revmatoidni artritis, nastanejo zaradi okvare imunskega sistema telesa, čeprav so učinki najbolj opazni v bolnikovih sklepih; skoraj 300,000 otrok v ZDA trpi za juvenilnim artritisom. Pediatrični revmatologi zdravijo tudi bolnike z revmatično vročino, Kawasakijevo boleznijo, lupusom in Raynaudovo boleznijo.