Med različnimi nalogami, ki se izvajajo z orodji Linux, so spremljanje sistema, konfiguracija in nadzor omrežja, administracija sistema, upravljanje programske opreme, namestitev sistema, varnost, razvoj programske opreme in tiskanje. Orodja Linuxa so lahko dostopna znotraj grafičnega uporabniškega vmesnika (GUI), v lupini ali v katerem koli okolju. Razlikujejo se tudi po tem, da so nekatera orodja specifična za določene distribucije. Na primer, anaconda, namestitveno orodje, napisano v programskem jeziku python, pogosto uporabljajo novi uporabniki distribucije Fedora, ki namestijo operacijski sistem z zagonom z namestitvenih kompaktnih diskov (CD) ali digitalnega vsestranskega diska (DVD).
Orodja Linux za spremljanje sistema se uporabljajo za izvajanje nalog, kot so prikaz prostega in uporabljenega sistemskega pomnilnika v kilobajtih ter poročanje o procesih in aktivnosti centralne procesne enote (CPU). Tako kot so nekatera orodja Linuxa specifična za distribucijo, so lahko tudi specifična za določeno namizno okolje. Večina distribucij prihaja z različnimi paketnimi orodji za konfiguracijo, upravljanje, nadzor in spremljanje številnih naprav strojne opreme, programskih paketov in procesov, kar je pomembno za varnost in stabilnost sistema. Orodja za konfiguracijo omrežja se uporabljajo za konfiguriranje in nadzor nove strojne opreme, kot je omrežna vmesniška kartica (NIC), za povezavo z brezžičnim omrežjem in celo za odpravljanje težav z omrežno povezavo.
Orodja za upravljanje sistema se uporabljajo za nastavitev funkcionalnosti za zvok, konfiguracijo zagonskega nalagalnika, spreminjanje sistemskega datuma in časa, izvajanje posodobitev operacijskega sistema, upravljanje logičnih nosilcev, upravljanje uporabnikov sistema in upravljanje skupin, med drugimi nalogami. Za upravljanje programske opreme skrbijo orodja Linuxa, kot sta modificirani updater yellowdog (YUM) in upravitelj paketov red hat (RPM). To so orodja ukazne vrstice. Številne distribucije ponujajo tudi orodja GUI za upravljanje programske opreme, ki vključuje namestitev, spreminjanje in odstranjevanje paketov.
Razvoj in spreminjanje programske opreme je mogoče lažje izvesti z orodji Linux, kot so prevajalniki za programski jezik C/C++ in Iced Tea za kodiranje v JAVA, da se omogoči prevajanje in izvajanje programa v virtualnem stroju. Varnost je mogoče izboljšati z orodji za konfiguracijo požarnega zidu, varnostno izboljšano (SE) Linux in gesla za zagonski nalagalnik. Skupni tiskalni sistem UNIX (CUPS) je orodje, ki se uporablja za konfiguriranje in nadzor lokalnih in omrežnih tiskalnikov ter čakalne vrste za tiskanje. Čeprav so številna orodja Linuxa grafična, so nekatera zelo pomembna samo v ukazni vrstici in tudi tista, ki so grafična, morda ne bodo popolnoma funkcionalna v GUI.