V možganih obstajajo tri različne vrste možganskih matičnih celic, ki se razlikujejo od drugih izvornih celic v telesu. Nekateri se spremenijo v nevrone, drugi postanejo astrociti, tretji pa se spremenijo v oligodendrocite. Vse tri vrste ostanejo neaktivne v možganih, dokler ne pride do poškodb in so potrebne nove. Aktivacija in tvorba različnih celic sta zelo zanimiva za znanstvenike, saj naj bi to imelo ključ do določenega preprečevanja ali zdravljenja bolezni.
Možganske matične celice se precej razlikujejo od drugih vrst matičnih celic. To so nespecializirane celice, ki se bodo po potrebi spremenile v različne komponente možganov in hrbtenjače. Razvrščeni so kot pripadajoči odraslim, ki se razlikujejo od tistih, ki so embrionalni ali inducirani pluripotentni. Inducirane pluripotentne celice so običajne celice, ki so bile v laboratoriju spremenjene v matične celice, medtem ko so embrionalne celice iz zarodkov.
Inducirani pluripotentni in embrionalni tipi se lahko spremenijo v katero koli komponento telesa, ne le v možganske komponente. Možganske matične celice se lahko spremenijo le v določene vrste celic, tiste v možganih in hrbtenjači. Končna vrsta je omejena na izvor tkiva. Tisti iz možganov se ne morejo spremeniti v kožo ali krvne celice, le tisto, kar je prisotno v hrbtenjači in možganih.
Nevralne možganske matične celice so tiste v možganih, ki se spremenijo v nevrone. Te so zelo pomembne za več vrst bolezni, vključno s Parkinsonovo boleznijo in multiplo sklerozo. Znanstveniki verjamejo, da je lahko določitev, kaj sproži to vrsto regeneracije, ključ do preprečevanja ali zdravljenja teh bolezni.
Matične celice v možganih, ki se spremenijo v oligodendrocite, so pomembne za hrbtenjačo. Oligodendrociti so celice, ki zagotavljajo izolacijo in zaščito živcev vzdolž hrbtenjače. Raziskave raziskujejo, kako bi ti lahko odpravili poškodbe hrbtenjače. Poškodbe zaradi poškodbe ali bolezni, kot je cerebralna paraliza, lahko koristijo zdravljenju s terapijami z matičnimi celicami.
Tretja vrsta možganskih matičnih celic se bo regenerirala v astrocite. Te so običajno oblikovane kot zvezde in zagotavljajo hranila tkivom, popravljajo poškodbe možganov in podpirajo celice na krvno-možganski pregradi. O teh je bilo opravljenih veliko raziskav, saj se lahko spremenijo tudi v tumorje.
Možna uporaba teh predmetov v možganih vključuje boljše razumevanje človekovega razvoja. Druge raziskave poskušajo najti razmerje med aktivnimi in neaktivnimi geni ter diferenciacijo. Matične linije se uporabljajo za testiranje novih zdravil in razvoj celičnih terapij.