Mikroskopi se uporabljajo tako v učilnicah kot pri pomembnih ocenah v medicinskih laboratorijih in drugih mikrotehnologijah. Različne vrste so zasnovane za te različne uporabe in se zato razlikujejo glede na njihovo ločljivost, povečavo, globino polja, vidno polje, način osvetlitve, stopnjo avtomatizacije in vrsto slike, ki jo ustvarijo. V bistvu obstajajo tri kategorije mikroskopa: elektronski, konfokalni in sestavljeni.
Elektronski mikroskopi so izjemno sofisticirane naprave za povečavo. Uporabljajo se v arheologiji, medicini in geologiji za ogled površin in plasti predmetov, kot so organi in kamnine. Namesto uporabe svetlobe te naprave usmerijo tok elektronov na vzorec, priključeni računalniki pa analizirajo, kako so elektroni razpršeni v materialu. Vzorec mora biti obešen v vakuumski komori.
S transmisijskimi elektronskimi mikroskopi znanstvenik dobi pogled na 2-D rezine predmeta na različnih globinah. Seveda sta pri tako močnih instrumentih tako stopnja povečave kot ločljivost oziroma ostrina slike zelo visoki. Skenirni elektronski mikroskopi se nekoliko razlikujejo po tem, da skenirajo pozlačen vzorec, da dobijo 3-D pogled na površino predmeta. Ta pogled je črno-bel, vendar daje neverjetno sliko, na primer, majhnih gričev in dolin kosti dinozavra.
Konfokalni mikroskop je korak navzdol od prejšnjih vrst. Za osvetlitev vzorca uporablja laserski žarek, katerega slika se nato digitalno izboljša za ogled na računalniškem monitorju. Vzorec je pogosto obarvan v svetle barve, tako da laser daje bolj kontrastno sliko. Postavljena je na stekelce tako kot v srednji šoli za biologijo. Te naprave se upravljajo samodejno, motorizirana ogledala pa pomagajo pri samodejnem ostrenju.
Najpreprostejše vrste najdemo v učilnicah po vsem svetu: sestavljeni mikroskopi. Te se v celoti upravljajo ročno in za osvetlitev vzorca uporabljajo običajno svetlobo okolice sonca ali žarnico. Vse, kar uporabnik želi pogledati, je nameščeno med dvema steklenima drsnikoma in prirezano pod glavno lečo, on pa uporablja številčnico za fokusiranje slike. Ta orodja uporabljajo preprosto serijo povečevalnih leč in ogledal, da sliko prenesejo v okular, podobno kot teleskop.
Sestavljeni mikroskopi se večinoma uporabljajo v biologiji. Dajo 2-D rezino predmeta, vendar lahko dosežejo dovolj veliko povečavo, da vidijo dele evkariontskih celic, pramen las ali ribnik. Žal nimajo odlične ločljivosti, zato je slika lahko zamegljena. Stereoskopski mikroskopi, kot pove že ime, zagotavljajo 3-D sliko prepolovljenih predmetov, kot so mišično tkivo ali organ. V tem primeru je povečava slaba, tako da gledalec ne more razločiti ločenih celic, vendar je ločljivost precej izboljšana.