Obstaja veliko zdravstvenih stanj, ki zahtevajo operacijo možganskega debla. Operacija na možganskem deblu je zaradi svoje lokacije ena najtežjih za kirurge. Anevrizme in krvavitve, obe krvavitvi, zahtevata takojšnjo operacijo, da se reši bolnikovo življenje. Za različne oblike raka, ki povzročajo nastanek tumorjev na možganskem deblu, imajo kirurgi več časa, da načrtujejo operacijo in se izognejo negativnim stranskim učinkom za bolnika.
Možgansko deblo fizično povezuje možgane s hrbtenjačo. V njej so trije ločeni deli, znani kot medula, most in srednji možgani. Poleg tega, da delujejo kot prehod med možgani in hrbtenjačo, so ta tri področja odgovorna za nezavedne življenjske funkcije telesa, kot so dihanje, vzburjenje, krvni tlak in prebava hrane. Zaradi pomembnosti možganskega debla je vsako zdravstveno stanje, ki vpliva nanj, potencialno smrtno nevarno. Tudi operacija možganskega debla je zelo tvegana, saj lahko vsaka kirurgova napaka povzroči smrt bolnika.
Ne glede na to, s kakšnim obolenjem možganskega debla se pacient predstavi, je najpomembnejši podatek, kje se bolezen nahaja na možganskem deblu. Možgansko deblo je za kirurge v zelo težko dosegljivem položaju; kosti, arterije in vene blokirajo dostop. Tako je kirurgom na voljo skoraj ducat kirurških tehnik. Na primer, kirurg bo morda moral narediti rez v bližini ušesa, da doseže možgansko deblo. Čeprav lahko pride do izgube sluha, mnogi kirurgi to zamenjajo za reševanje bolnikovega življenja.
Krvavitve, kot so anevrizma in notranja krvavitev, zahtevajo takojšnjo operacijo možganskega debla, če želi bolnik preživeti. Oba dogodka odvzameta možgane krvi, kar povzroči smrt v nekaj minutah, če se ne zdravi. Zaradi časovnega dejavnika mnogi bolniki ne preživijo, razen če so že v bolnišničnem okolju.
Veliko rakavih obolenj zahteva tudi operacijo možganskega debla. Čeprav lahko tumorji, ki se razvijejo na možganskem deblu, hitro postanejo usodni, če jih ne zdravimo, imajo kirurgi na splošno več časa za načrtovanje operacije kot takrat, ko pacient doživi notranjo krvavitev. Eden takih raka je pilocitni astrocitom, stanje, ki na splošno prizadene otroke in mladostnike. V večini primerov lahko kirurgi odstranijo celoten tumor. Petletno preživetje po operaciji je 90%.
Druge tegobe, razen krvavitev in raka, zahtevajo operacijo možganskega debla. Kavernozni hemangiomi se na primer kažejo z eno ali več izjemno razširjenimi krvnimi žilami, ki vsebujejo zastalo kri. Čeprav se lahko pojavijo kjer koli v telesu, se večina razvije v krvnih žilah v možganih ali blizu možganskega debla. Tako kot pri odstranjevanju tumorjev imajo zdravniki v razvitih državah dostop do 3-D slik hemangioma. Ko je žila odstranjena, se pri bolniku ne bo več pojavila.