Obstajata dve različni vrsti hidroponskih sistemov. Ena zahteva uporabo rastnega medija, ki ni zemlja. Drugi uporablja zrak ali vodo kot rastni medij, pri čemer so korenine izpostavljene. Obe vrsti zahtevata hranilno raztopino vode z raztopljenimi minerali. Vsaka vrsta sistema ima tri osnovne različice.
Hidroponski sistemi, ki zahtevajo rastni medij, običajno uporabljajo izdelke, kot so pesek, gramoz in perlit, ki je vulkanski material. Korenine rastlin rastejo skozi medij enako kot skozi zemljo. Hranilna raztopina prehaja skozi medij za hranjenje rastlin. Druge vrste medija, ki se običajno uporabljajo, so kamena volna, kokosova vlakna in vermikulit. Obstajajo tri različice srednjega tipa sistema: sistem stenja, sistem oseka in oseka in sistem kapljanja.
Sistem stenja je najosnovnejši hidroponski sistem. Pladenj za rast je napolnjen z medijem. Znotraj pladnja so različni stenji, ki dovajajo raztopino iz rezervoarja v pladenj za rast. Kisik je treba dovajati v rezervoar za vodo s pomočjo zračne črpalke. Vsi sistemi, ki uporabljajo rezervoar, morajo uporabljati tudi zračno črpalko, vodno črpalko ali oboje za oksigenacijo vode.
Sistem oseke in oseke je druga različica. Pladenj za rast je napolnjen z medijem. Vodna črpalka se uporablja za dovajanje raztopine v medij iz rezervoarja. Prelivanje v pladnju za rast vrne raztopino v rezervoar. Črpalka je običajno na časovniku.
Tretja različica je sistem kapljanja. Sistem kapljičnega namakanja dovaja raztopino na podlago rastlin. Pladenj za rast se ponovno napolni z medijem, na medij postavimo kapalne cevi in raztopina kaplja navzdol skozi medij. Na dnu pladnja za rast je nameščen odtok. Hranilna voda se nato vrne v rezervoar ali zavrže, kar imenujemo sistem brez obnavljanja.
Hidroponski sistemi, ki uporabljajo zrak ali vodo kot rastni medij, imajo tudi tri različice: vodno kulturo, hranilni film in aeroponsko. Prednost teh sistemov je, da ni medija za zamenjavo ali nakup. Pomanjkljivost dveh od teh sistemov je, da so korenine izpostavljene zraku. Izpad električne energije ali prekinitev črpalke lahko povzročita, da se korenine preveč posušijo.
Prvi od teh hidroponskih sistemov se imenuje vodna kultura. Rezervoar je napolnjen z raztopino, zračna črpalka pa dovaja kisik v raztopino. Na raztopino postavimo plavajoč pladenj za rast, v raztopini pa izpostavimo korenine. Pladenj za rast je lahko izdelan iz katerega koli materiala, ki bo plaval. V plavajočem pladnju so nameščene luknje, majhne košare pa podpirajo rastline.
Sistem hranilnega filma uporablja zrak kot rastni medij. Pladenj za rast v tem sistemu je lahko velika cev, kot je polivinilkloridna (PVC) cev. Vodna črpalka dovaja hranilno raztopino iz rezervoarja, skozi cev in nazaj v rezervoar. Na vrhu rastne cevi so izrezane luknje, korenine rastlin pa pustimo, da visijo v raztopini, ki teče skozi cev. Rastni medij je zrak, zato lahko prekinitev vodne črpalke povzroči, da se korenine posušijo.
Aeroponski sistem je zadnja različica hidroponskih sistemov. Rastni medij je spet zrak in enaka pomanjkljivost prekinitve črpalke lahko poškoduje korenine. Pladenj za rast je lahko karkoli, kar lahko podpre rastlino nad rezervoarjem, tako da korenine visijo v zraku. Vodna črpalka dovaja drobno meglico raztopine na korenine v določenih časovnih intervalih. S tem sistemom se običajno uporablja časovnik kratkega cikla.