Obstaja več vrst filtracije vode iz vrtine, namenjenih odstranjevanju različnih onesnaževalcev. Različne metode lahko odstranijo različne sklope nečistoč, vendar noben tip filtra ne more odstraniti vseh možnih onesnaževal. Zato je pred izbiro filtrirnega sistema pomembno vedeti, katere snovi so prisotne.
Eden najpogostejših razlogov za čiščenje vodnjakov je odstranjevanje železa in mangana, ki se pogosto izpirata v podtalnico iz okoliških tal in kamnin. Železo in mangan v ravneh, ki jih običajno najdemo v vodi iz vodnjakov, nista nevarna za zdravje, vendar lahko prevelika količina vodi obarva rdečkasto rjav odtenek in obarva perilo, kopalne kadi in umivalnike. Dušik in vodikov sulfid se občasno nahajata tudi v vodi iz vodnjakov. Vodikov sulfid povzroča vonj, podoben gnilim jajcem, medtem ko lahko preveč nitratov povzroči methemoglobinemijo, ki jo običajno imenujemo modra otroška bolezen. Filtriranje vode iz vrtine se običajno ne uporablja za bakterijsko kontaminacijo, saj ima podtalnica na splošno zelo nizko koncentracijo bakterij.
Nekateri običajni filtrirni materiali vključujejo granulirano aktivno oglje (GAC), manganov zeleni pesek in BIRM. GAC je obdelan, da mu da veliko površino, zaradi česar ima visoko vpojnost. Lahko ujame različne onesnaževalne delce, vključno z železom, manganom, vodikovim sulfidom in klorom. Pomanjkljivost GAC je, da ga je treba redno menjati.
Manganov zeleni pesek se uporablja za odstranjevanje železa in mangana iz vode. Glaukonit, aktivna snov v manganovem zelenem pesku, reagira s topnim železom in manganom, da tvori netopne različice teh snovi, ki so ujete v filtrirnem materialu. Manganov zeleni pesek deluje v visokih koncentracijah železa in mangana ter popolnoma odstranjuje onesnaževalce. Za pravilno delovanje filtra je običajno potrebno redno vzdrževanje.
BIRM je še en filtrirni material, ki se uporablja predvsem za odstranjevanje železa in mangana. Katalizira reakcijo med železom ali manganom in kisikom. V procesu oksidacije nastaneta netopno železo in mangan, ki se nato ujame s filtrom. Ta vrsta filtracije vode iz vrtine zahteva tudi redno vzdrževanje za čiščenje filtrirnega materiala.
Anionska izmenjava in ionska izmenjava, znani tudi kot mehčanje vode, sta dve podobni metodi obdelave, ki delujeta na odstranjevanje različnih onesnaževalcev. Obe metodi odstranita delce onesnaževal, ko voda prehaja skozi nabito smolno plast. Ionska izmenjava uporablja negativno nabit material za zajemanje pozitivno nabitih ionov, vključno z železom, manganom, kalcijem in magnezijem, medtem ko anionska izmenjava uporablja pozitivno nabito smolo za zajemanje negativno nabitih ionov, vključno z nitrati, sulfati in fluoridi. Obe vrsti obdelave lahko povzročita, da voda postane jedka in poveča vsebnost natrija.
Reverzna osmoza (RO) je metoda filtriranja vode iz vrtine, ki uporablja selektivno membrano. Pritisk se uporablja za potiskanje vode skozi ta tanek material, pri čemer na eni strani ostanejo onesnaževalci, medtem ko pride čistejša voda. RO lahko odstrani najrazličnejše onesnaževalce, vključno z železom, manganom, nitratom, sulfatom, natrijem, fluoridom, kloridom, težkimi kovinami in nekaterimi organskimi materiali. Po drugi strani pa reverzna osmoza pogosto ni izvedljiva možnost za gospodinjske čistilne sisteme, saj so RO enote drage in zahtevajo velike količine vode.