Obstaja več vrst encimov prebavnega sistema, od katerih je vsak zasnovan za razgradnjo različnih delov hrane, ki jih lahko najdemo na različnih točkah v prebavnem sistemu. Glavne kategorije encimov so amilaza, lipaza, proteaza in nukleaza. Žleze v ustih, želodcu, tankem črevesju in trebušni slinavki izločajo nekaj ali vse od tega, ko hrana prehaja po prebavnem traktu, tako da jo telo lahko razgradi in uporabi. Večino prebavnih encimov najdemo v soku trebušne slinavke, čeprav so prisotni tudi v slini in želodčnem prebavnem soku.
Eden prvih encimov, ki sproži proces prebave, je amilaza. Ta vrsta encima je zasnovana za razgradnjo ogljikovih hidratov v enostavne sladkorje, ki jih telo lahko predela. Najprej ga izločajo žleze slinavke v usta, kjer začne prebavljati hrano, kot so sadje, zelenjava in fižol. Trebušna slinavka nato proizvede več amilaze in jo pošlje v tanko črevo, kjer še naprej pomaga pri razgradnji ogljikovih hidratov. Obstaja več podkategorij amilaze, od katerih je vsaka zasnovana za predelavo določenih vrst ogljikovih hidratov; na primer laktaza razgrajuje mlečne sladkorje, saharaza pa kompleksne škrobe in sladkorje.
Proteaza je skupina encimov prebavnega sistema, ki razgrajujejo beljakovine, ki jih vsebujejo meso, oreščki in siri. Želodec in trebušna slinavka ustvarjata proteazo, zato se predelava beljakovin začne dlje v prebavni sistem kot ogljikovi hidrati. Beljakovine je treba razgraditi na aminokisline, ki so ključne za delovanje vseh celic. Glavni vrsti proteaz, ki jih najdemo v človeškem telesu, sta pepsin in peptidaza.
Drug encim prebavnega sistema je lipaza. Funkcija lipaze je razgraditi maščobe, kot so tiste v oljih, mesu in mlečnih izdelkih. Nekaj lipaze nastaja v ustih in želodcu, večina pa prihaja iz trebušne slinavke in opravlja svoje delo v tankem črevesu. Tukaj deluje z žolčem, ki ga tvorijo jetra, ki emulgira velike maščobne molekule in jih naredi manjše, tako da jih lipaza lahko nato še naprej razgradi na glicerol in maščobne kisline.
Trebušna slinavka proizvaja tudi končne encime prebavnega sistema, nukleazo. Ta encim je narejen za razgradnjo nukleinskih kislin, kot sta DNK in RNA. Deluje tako, da loči vezi med nukleotidi, ki nato sproščajo dušik in enostavne sladkorje.