Čakre so točke v in na človeškem telesu, ki so bile tradicionalno povezane z različnimi vidiki življenjske energije in sil. Za vsako od sedmih čaker velja, da je povezana z določeno barvo in po vrsti z določenimi vrstami dragih kamnov čaker, ki jih določa barva žariščne točke. Nanos dragih kamnov na ustrezne dele telesa naj bi pomagal uskladiti čakre posameznika z zunanjim svetom; ker te izbire dragih kamnov v veliki meri temeljijo na barvi, je široka raznolikost sprejeta kot točna.
Korenska čakra je povezana s hrbtenico in območjem okoli spodnjega dela hrbta in je predstavljena z rdečo. Zato so vsi dragi kamni čaker, povezani s to žariščno točko, rdeči. Nekateri najpogosteje vidni so rubin, rdeči jaspis in granat, čeprav se lahko uporabljajo tudi rožnati kamni, kot sta rodokrozit in rožni kremen. Nad to je čakra, povezana s pomarančo ter z reproduktivnimi organi in drobovino. Karneol, ognjeni opal, jantar in kremen mandarine so vsi povezani s to sakralno čakro.
Na solarnem pleksusu se nahaja tretja čakra, manipura. Dragi kamni rumene čakre, kot so topaz, citrin in jantar, se uporabljajo za zdravljenje težav, ki so osredotočene na to čakro. Srčna čakra ali anahata, ki se nahaja tik nad tem na telesu, je morda presenetljivo povezana z zeleno. V povezavi s srčno čakro se uporabljajo številni zeleni kamni, vključno s smaragdom, malahitom, žadom, zelenim kremenom in krizoprazo. Grlena čakra je modra, kamni, kot so lapis lazuli in safirji, pa se običajno uporabljajo v povezavi s tem.
Čakra tretjega očesa, ki se nahaja na čelu, je indigo in je običajno povezana s safirji, azuritom in ametistom. Za končno čakro, krono, velja, da je tesno povezana z vijolično barvo. Kamni so podobni tistim, ki se uporabljajo s čakro tretjega očesa, čeprav je odtenek dragih kamnov čaker pomemben. Temnejši vijolični kamni, kot je obsidian, so odraz žalosti, medtem ko lahko bledo vijolični kamni, kot je ametist, predstavljajo ljubezen posameznika do soljudi.
Različni dragi kamni čaker se uporabljajo za različne namene. Kamni indigo, povezani s čakro tretjega očesa, se lahko uporabijo za povečanje globine meditacije, medtem ko naj bi uporaba rumenih kamnov na solarnem pleksusu pomagala posamezniku organizirati misli in osredotočiti um. Ker je barva kamna najpomembnejša, se lahko izbira kamnov prilagodi potrebam in okusom posameznika.