Mikrovalovne pečice so zapleteni stroji, in čeprav je veliko ljudi seznanjeno z zlahka opaznimi deli mikrovalovne pečice, kot so plošča s tipkami, napajalni kabel, gramofon in votlina za kuhanje, ima notranjost vgrajene mikrovalovne dele, ki jih le malokdo vidi. V bistvu je notranjost mikrovalovne pečice razdeljena na dva dela, in sicer na kontrolni del in visokonapetostni del. Krmilni del vsebuje časovnik, krmilnike izhodne energije ter vrsto zapornih stikal in varnostnih naprav. Visokonapetostni odsek vsebuje visokonapetostni transformator, diodo in kondenzator, valovovod in lopatico mešalnika.
Ključna plošča na mikrovalovni pečici se običajno nahaja na sprednji strani in je območje, kjer bodo uporabniki vnesli čas kuhanja in želeno raven energije. Napajalni kabel je preprosto del, ki se vtakne v stensko vtičnico. Kuhalna votlina je prostor v mikrovalovni pečici, kamor je postavljena hrana. Vrtljiva plošča je platforma v kuhalni votlini, ki se v številnih modelih z mikrovalovno pečico vrti med kuhanjem hrane.
Krmilni del vsebuje več mikrovalovnih delov, ki uravnavajo izhodno energijo. Časovnik, ki je povezan s tipkovnico, ima vrsto zaklenjenih vezij, ki spremljajo frekvenco signalov, poslanih delom, ki uporabljajo napetost in ustvarjajo mikrovalovne pečice. Večina mikrovalovnih pečic vsebuje dve varnostni stikali v bližini vrat, ki prekineta proizvodnjo mikrovalovne energije, ko so vrata odprta. V krmilnem delu so nameščene različne varovalke in termične zaščite in služijo kot izklopni mehanizmi v sili v primeru pregrevanja ali električnih težav. Triak, elektromagnetno relejsko stikalo, ki ustvarja napetostno pot, ko je mikrovalovna pečica pripravljena za kuhanje, je tudi del krmilnega dela.
Visokonapetostno območje aparata vsebuje dele, ki ustvarjajo mikrovalovne pečice. Transformator je sestavni del, saj prenaša napetost iz gospodinjske vtičnice na diodo in kondenzator. Dioda in kondenzator sta mikrovalovna dela, ki povečata napetost na med 3,000 in 5,000 voltov, odvisno od modela. Povečana napetost se prenese na del, imenovan magnetronska cev, ki pretvarja napetost v mikrovalovne pečice.
Ko so mikrovalovne pečice ustvarjene, se prenesejo v kovinski kanal, imenovan valovod. Valovod dovaja energijo v kuhalno votlino. Votlina vsebuje del, imenovan rezilo mešalnika, ki se počasi vrti, da enakomerno razprši mikrovalovne pečice. Večina mikrovalovnih pečic ima posebne kovinske zaslone na oknih vrat in kovinske obloge ob stenah, tako da se mikrovalovne pečice odbijajo po notranjosti in prodirajo v hrano iz vseh zornih kotov.
Drugi deli mikrovalovne pečice vključujejo žarnico in motor puhala. Svetilka za votlino je majhna žarnica, ki osvetljuje notranjost votline. Motor puhala je majhen ventilator, ki preprečuje pregrevanje naprave med delovanjem. Mikrovalovne pečice so na voljo v različnih stilih in velikostih, posamezni deli in njihove lokacije pa se razlikujejo.