Morski prašički trpijo zaradi številnih istih bolezni, ki prizadenejo druge sesalce, vključno z ljudmi. Pljučnica, kožne bolezni in paraziti so med najpogostejšimi boleznimi morskih prašičkov. Tudi morski prašički so zelo dovzetni za vročinski udar. V mnogih primerih ne pokažejo svojega nelagodja, dokler bolezen ali stanje ni dobro ugotovljeno; Za lastnike morskih prašičkov je pomembno, da se zavedajo simptomov in svoje hišne ljubljenčke vodijo na redne veterinarske preglede.
Morski prašiček, ki uživa podstandardno prehrano in živi v umazani kletki, bo verjetno dobil pljučnico zaradi bakterijske okužbe dihal. Simptomi vključujejo nosnice ali oči, ki odvajajo tekočino in zavračanje jesti. Morskega prašička, ki hitro diha in se ne premika po notranjosti ali izven kletke, je treba takoj odpeljati k veterinarju, sicer je verjetna smrt.
Bolezen kože je verjetno prisotna pri morskih prašičkih, ki se praskajo in grizljajo, odlagajo dlako do plešavosti ali imajo rdečo ali razdraženo kožo. Razen če takšne živali ne vidi veterinar, lahko pri draženju kože nastane skorja neprijetnega vonja ali postane odebeljena. Kožne bolezni morskega prašička so lahko posledica nezadostne prehrane, osnovne bolezni ali parazitov. Zdravljenje vključuje ivermektin, zdravilne šampone in praške ali mazila, ki so varni za morskega prašička, ki se nanašajo na prizadeta območja.
Mnogi paraziti se prehranjujejo z morskimi prašiči. Cikoidoza, ki jo širi enocelični parazit, povzroča hudo drisko. Uši, ki iščejo tudi človeške gostitelje, so odgovorne za plešavost in odprte rane. Lišaj, človeški parazit, povzroča plešavost okoli nosu in glave ter razdraženo kožo pri morskih prašičkih.
Lastniki morskih prašičkov se morajo zavedati, da pomanjkanje vitamina C pogosto prispeva k boleznim morskih prašičkov. Živali, ki so videti šibke ali izčrpane, krvavijo iz dlesni ali imajo deformirane zobe, potrebujejo pomoč veterinarja. Injekcije, dodatki in sprememba prehrane, ki vključuje obilno hrano, bogato z vitaminom C, lahko obrnejo stanje.
Druge bolezni morskih prašičkov, ki so pogostejše pri starejših hišnih ljubljenčkih, vključujejo ciste na jajčnikih in nekatere vrste raka. Približno tri četrtine samic morskega prašička v letu in pol ima ciste na jajčnikih. Nekateri vzorci izgube dlake in zmanjšanje plodnosti lahko kažejo na prisotnost bolezni. Ultrazvok je diagnostično orodje izbire, sterilizacija bolnega hišnega ljubljenčka pa je najpogostejše zdravljenje.
Majhen odstotek morskih prašičkov zboli za rakom, tisti, ki ga imajo, pa so običajno starejši hišni ljubljenčki. Rak kože, dojk in krvi je pogostejši od drugih vrst. Zdravljenje se lahko izvede, da se žival počuti bolj udobno.
Morski prašički so zelo dovzetni za toplotni udar. Stanje kaže simptome, ki vključujejo sline, blede dlesni in zadihanost. Toplotni udar bo hitro napredoval v smrt, če prizadete živali ne zdravimo takoj.