Nekateri bodo morda presenečeni, da so nekatere vrste bakterij, kot so tiste v jogurtu, dejansko bolj koristne kot škodljive. Različne vrste bakterij v jogurtu običajno vključujejo Lactobacillus bulgaricus, Streptococcus thermophilus in v nekaterih primerih Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei in bifidobakterije. Jogurt je jedel že tako dolgo, da nihče ni prepričan, kako se je prvič pojavila ideja o uvedbi bakterij v mleko, da bi proizvedli to bogato, pikantno hrano. Zagotovo pa je, da bakterije v jogurtu opravljajo nekatere pomembne funkcije, od ustvarjanja edinstvenega okusa in teksture jogurta do spodbujanja številnih zdravstvenih koristi pri njegovih potrošnikih.
Dokazi kažejo, da so jogurt jedli že od vsaj 500 let pred našim štetjem, in verjame se, da sta bili dve vrsti bakterij vključeni v proizvodnjo jogurta že od antičnih časov. Te bakterije sta Lactobacillus bulgaricus in Streptococcus thermophilus. Ko se te bakterije dodajo mleku, se začnejo hraniti z laktozo, sladkorjem, ki ga najdemo v mlečnih izdelkih, in nato proizvajajo mlečno kislino. Ni znano, kako so se te bakterije sprva znašle v mleku, čeprav nekateri sumijo, da je do tega procesa morda prišlo po naključju. Ne glede na to se je mlečna kislina, ki jo proizvajajo bakterije, izkazala za zelo koristno za starodavna ljudstva, saj je omogočala, da so mlečni izdelki ostali sveži dlje kot običajno.
Od zgodnjih 2000-ih so številni proizvajalci jogurtov v ZDA in Evropi organizirali oglaševalske kampanje, s katerimi so opozorili javnost na bakterije v jogurtu. Bakterije, omenjene v tovrstnih akcijah, pogosto dopolnjujejo dve vrsti bakterij, ki sta jih vedno našli v jogurtu. Te dodatne bakterije lahko vključujejo Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei in bifidobakterije. Skupaj se te bakterije pogosto imenujejo probiotiki, izraz, ki namiguje na vrsto zdravstvenih koristi, za katere se domneva, da jih spodbujajo.
Poleg tega, da ustvarijo gosto teksturo in prijeten pikanten okus, številni zdravstveni strokovnjaki verjamejo, da bakterije v jogurtu koristijo zdravju na več načinov. Najprej te bakterije z razgradnjo laktoze opravljajo funkcijo, s katero se borijo posamezniki, ki ne prenašajo laktoze. Posledično intoleranca na laktozo jogurt pogosto prenaša bolje kot druge mlečne izdelke, zato je lahko pomemben vir kalcija in beljakovin. Bakterije v jogurtu naj bi tudi spodbujale zdravo bakterijsko ravnovesje v črevesju, kar posledično izboljšuje zdravje prebave. Končno lahko bakterije pomagajo preprečiti glivične okužbe pri ženskah.