Gnoj je pogosto posledica okužbe in je običajno sestavljen iz mrtvih belih krvnih celic, ostankov drugih poškodovanih celic in tkiva ter bakterij. Celice, imenovane nevtrofilci, lahko ubijejo napadalce, vendar se pri tem pogosto ubijejo; bakterije v gnoju zato včasih imenujemo piogene. Pogosto so to koki, ki so sferični organizmi z debelimi celičnimi stenami in vključujejo različne vrste stafilokokov in streptokokov. Bakterije Staphylococcus epidermidis običajno živijo na koži in včasih preprečujejo glivične okužbe. Ti le redko povzročajo bolezni, vendar se sorta aureus pogosto nahaja v ranah, vre in mozoljih.
Bakterije v gnoju so lahko organizmi, ki povzročajo strep grlo in tonzilitis. Streptokoke lahko opazimo pri številnih kožnih okužbah. Na splošno lahko povzročijo gnojne okužbe, ki vodijo v nastanek gnoja. Nekatere okužbe, ki sprožijo to reakcijo, lahko povzročijo bolezni, kot je revmatična mrzlica, ali pa lahko bakterije sproščajo toksine, ki povzročajo šok ali škrlatinko. Ali bakterija povzroča bolezen ali je neškodljiva, je odvisno od njene genetike, kemije in strukturne sestave.
Streptococcus pneumoniae je organizem, ki običajno sproži bakterijsko pljučnico, lahko pa je prisoten tudi pri okužbah srednjega ušesa. Te bakterije v gnoju imajo včasih zunanjo lupino, ki celicam imunskega sistema preprečuje, da bi jih zajeli in ubili. Inkapsulirane oblike lahko nekoga zbolijo, ko pa bakterija ni inkapsulirana, jo običajno lahko odstranijo krvne celice. To vrsto lahko imenujemo nevirulentna, ker običajno ne povzroča bolezni.
Druge vrste bakterij v gnoju vključujejo Neisseriae, ki lahko sprožijo meningitis in gonorejo. Mnoge od teh vrst normalno živijo v sluznicah telesa, vendar je nekaj vrst lahko nevarno in celo smrtonosno. Barva gnoja se lahko razlikuje od rumene do belkasto rumene, do rumeno rjave, odvisno od vrste bakterij in drugega prisotnega celičnega materiala. Nekatere bakterije imajo pigmente, zaradi katerih je gnoj modro-zelen, nekatere bele krvne celice pa lahko sproščajo beljakovine, ki ubijajo organizme, hkrati pa dodajo izrazito zeleno barvo.
Bakterije v gnoju so običajno patogeni. Gnoj se lahko tvori na koži in v notranjosti telesa. Z pregledovanjem notranjosti trebuha lahko kirurgi vidijo okužbe organov, kot so jetra ali trebušna slinavka. Druge bakterije lahko okužijo sečila ali celo pljuča. Na splošno lahko bakterije okužijo človeka skozi kakršen koli urez na koži, gnoj pa pogosto moti proces celjenja; včasih so posledica šoka, gangrene ali okužbe bezgavk.