Anaerobno čiščenje odpadne vode je običajna tehnika čiščenja odplak, ki uporablja naravno rastoče bakterije za razgradnjo odpadkov. To je učinkovito na dva načina. Anaerobna obdelava porabi manj energije kot drugi procesi, povzroči pa tudi proizvodnjo plinov, kot je metan, ki se lahko uporablja za proizvodnjo energije in je lahko nižji. Vrsta obdelave je odvisna od uporabljenega sistema, imenovanega digestor, ki običajno vključuje pokrito laguno, popolno mešanico in različice s pretočnim tokom. Številne druge vrste se uporabljajo za čiščenje odplak, odvisno od odstotka trdnih snovi v odpadkih in želene hitrosti procesa.
Jedro anaerobne obdelave, vrsta uporabljenih anaerobnih digestorjev je odvisna tudi od tega, kako trdni so odpadki. Tekoče odpadke, kot je tekoči gnoj na kmetijskih objektih, najlažje predelajo pokriti lagunski digestorji. Lagune so običajno velike in pokrite, da ujamejo pline, ki nastanejo, ko se odpadki razgradijo. Za delno tekoče gnojevke se običajno uporablja popoln mešani digestor, v katerem se odpadki mešajo v nadzemnem rezervoarju ali v rezervoarju, ki je pod površino. Trdne snovi ostanejo suspendirane, saj anaerobni organizmi vse razgradijo.
Gnoj in drugi trdni odpadki se hranijo v podzemnem rezervoarju in se razgrajujejo v pretočnem digestorju. Najnižji digestor za vzdrževanje, sestavljen je iz ogrevanega rezervoarja, ki shranjuje ostanek plina, ki ga proizvedejo organizmi. Čiščenje odplak in komunalna odlagališča lahko zahtevajo eno vrsto digestorja. Drugi se lahko uporabljajo v kmetijstvu, predelavi hrane in čiščenju odpadnih voda. Obstajajo tudi različni drugi digestorji, ki se uporabljajo pri anaerobni obdelavi, kot so anaerobna prevleka z navzgornim tokom, anaerobni digestorji s fiksnim filmom ali anaerobni digestorji s temperaturno fazo, ki se običajno uporabljajo za odpadke z nizko vsebnostjo trdnih snovi.
Vrsta uporabljene anaerobne obdelave je lahko odvisna od tega, koliko stane načrtovanje in uporaba sistema ter koliko metana je mogoče prodati ali uporabiti za proizvodnjo energije. Velikost rezervoarjev igra vlogo, pa tudi vrste snovi, ki se bodo uporabljale za razgradnjo. Anaerobna obdelava vključuje predobdelavo, predelavo bioplina in način odstranjevanja ali recikliranja preostalih odpadnih produktov. Proces prebave je zapleten, v katerem se odpadne molekule razgradijo v enostavne spojine, imenovane monomeri, ki se pretvorijo v maščobne kisline. Ti se v prisotnosti anaerobnih bakterij razgradijo na vodik in ocetno kislino, nato pa se nadalje razgradijo v metan in plin ogljikov dioksid.