Obstaja veliko različnih vrst aminokislin, ki delujejo kot osnovne strukturne enote beljakovin in opravljajo številne druge pomembne biološke funkcije. Razvrščeni so v več kategorij, ki temeljijo na več različnih dejavnikih, kot so mehanizmi, s katerimi se sintetizirajo, in ali jih je mogoče pridobiti s prehrano ali ne. Vse aminokisline vsebujejo aminsko skupino ali spojino, ki ima dušik z osamljenim parom elektronov. Imajo tudi skupino karboksilne kisline, ki so kisline, ki vključujejo spojino, vezano na atom ogljika, atom kisika in molekulo hidroksida. Različne vrste se razlikujejo po stranski verigi, ki je edinstvena za vsako aminokislino.
Različne vrste aminokislin so običajno združene v standardne in nestandardne aminokisline. Standardne aminokisline se proizvajajo z običajnimi biološkimi procesi, s katerimi se genetske informacije, ki jih vsebuje DNK, prepišejo v RNA in prevedejo v aminokisline. Obstaja 20 aminokislin, ki se proizvajajo s takšnimi standardnimi biološkimi procesi, medtem ko se drugi dve standardni aminokislini proizvajata z bolj specializiranimi sinteznimi procesi, s čimer je skupno število standardnih aminokislin 22.
Po drugi strani pa se nestandardne aminokisline ne proizvajajo z običajnimi sredstvi transkripcije in prevajanja. Običajno so spremenjene različice standardnih aminokislin; so podvrženi neki obliki post-translacijske modifikacije, ki se zgodi po normalnih fazah proizvodnje beljakovin. Beljakovine, ki imajo zelo specifične funkcije ali se morajo vezati na določene molekule, pogosto vsebujejo nestandardne aminokisline, saj 22 standardnih aminokislin ni dovolj specializiranih.
Različne vrste aminokislin so združene tudi glede na prehranske potrebe različnih živali, običajno ljudi. Esencialnih aminokislin, kot je fenilalanin, telo ne more sintetizirati, zato jih je treba zaužiti kot del svoje prehrane za ohranjanje zdravja. Nebistvene aminokisline, kot je alanin, lahko telo sintetizira, zato jih ni nujno treba vključiti v svojo prehrano. Izraza »bistveni« in »nebistveni« se ne nanašata na njun pomen; obe vrsti sta potrebni. Nanaša se le na dejstvo, da je eden bistven del človekove prehrane, drugi pa ni.
Aminokisline lahko razdelimo v kategorije na podlagi številnih različnih lastnosti. Ena od lastnosti, ki se običajno uporablja v biokemiji, je struktura aminokislin. Različne aminokisline so združene v skupine na podlagi določenih atomov ali molekul ali strukturnih ureditev, ki jih vsebujejo. Dve različni strukturni kategoriji sta aromatične aminokisline in aminokisline, ki vsebujejo žveplo.