Novorojenčku je treba najprej prerezati popkovino, ki bo shranjena. V idealnem primeru je treba to storiti čim prej, nato pa vrvico shraniti v sterilni posodi, preden jo odpeljete v laboratorij. Včasih je shranjena cela popkovina, drugič pa le del popkovine. Popkovnična kri in gel, ki obdaja arterije v popkovini, se lahko shranita tudi ločeno. Starši se lahko odločijo, da bodo otroško vrvico shranili v zasebni banki za osebno uporabo ali jo podarili javni banki.
Odločitev o uporabi prostorov za shranjevanje popkovnika je treba sprejeti pred rojstvom dojenčka, da bodo lahko zdravniki in medicinske sestre pripravljeni. Vrvico, ki je namenjena za shranjevanje, je treba prerezati skoraj takoj po porodu. To zagotavlja, da v popkovini ostane več krvi.
Po vpetju in rezanju popkovnice se popkovnična kri včasih odstrani. To lahko storite z brizgo ali pa kri odložite v sterilno posodo. To se običajno naredi, preden se vzorci krvi in tkiva odpeljejo v skladišče za popkovino.
Če se starši odločijo, da bodo shranili tudi popkovno tkivo, ga tudi damo v sterilno posodo. V posodo je dodan tudi konzervans. Odseke, ki so približno 4 do 6 palcev (10.2 do 15.2 centimetra), lahko shranite v shrambo za popkovino.
Tkivo popkovine je treba hitro označiti in prepeljati v laboratorij za obdelavo, saj lahko tkivo po sorazmernem času postane neuporabno. Večina strokovnjakov se strinja, da je treba popkovino tkivo obdelati v dnevu ali dveh. V tem času je tkivo shranjeno v zelo hladnem predelku, da se ohrani.
Med obdelavo se lahko iz popkovine izločijo različne komponente, vključno s preostalo krvjo. Odstranimo lahko tudi gel, ki obdaja arterije v popkovini, znan kot Whartonov žele. Ta gelu podobna snov je pravzaprav vrsta vezivnega tkiva in je bogata z matičnimi celicami.
Za shranjevanje popkovine so potrebne izredno nizke temperature. Večina strokovnjakov se strinja, da je idealna temperatura za shranjevanje popkovine okoli -249 stopinj Fahrenheita (-156 stopinj Celzija). Te ekstremne temperature se običajno vzdržujejo s tekočim dušikom ali dušikovimi hlapi.
Tekoči dušik je sposoben shraniti popkovine pri temperaturi okoli -310 stopinj Fahrenheita (-190 stopinj Celzija), tkivo pa damo v kovinsko posodo, preden ga potopimo v tekočino. Nekateri strokovnjaki pa menijo, da pri uporabi tekočega dušika obstaja možnost bakterijske kontaminacije. Dušikov hlap se lahko uporablja tudi za shranjevanje popkovine in to vzdržuje temperaturo okoli -202 stopinj Fahrenheita (-130 stopinj Celzija). Pomanjkljivost tega načina shranjevanja je, da lahko temperature nihajo.
Uporaba zasebne banke za shranjevanje popkovine je lahko zelo draga. Posamezniki z zasebno shranjenimi popkovinami pa bodo imeli v prihodnosti dostop do popolnoma usklajenih izvornih celic. Posamezniki, ki si ne morejo privoščiti plačila za zasebno shranjevanje, vendar ne želijo, da so popkovine njihovih dojenčkov medicinski odpadki, lahko darujejo popkovino. To je brezplačno, popkovnična kri in tkivo pa se lahko uporabita za raziskave izvornih celic.