Netopirji so koristne živali, vendar lahko povzročijo velike težave, ko se preselijo v dom. Bolezen je velika nevarnost okužbe netopirjev, vključno s histoplazmozo zaradi vdihavanja njihovih odpadkov, znanih kot gvano, in tveganjem stekline zaradi ravnanja z okuženimi netopirji. Odstranjevanje in čiščenje netopirjev mora opraviti strokovnjak. Obstajajo načini, kako lahko lastniki stanovanj preprečijo začetno kolonizacijo netopirjev ali prihodnje okužbe.
Manj kot en odstotek populacije netopirjev nosi virus stekline. Izogibati se je treba vsakemu stiku z netopirji, saj besni netopirji ne kažejo vedno nenavadnega vedenja. Histoplazmoza je pljučna bolezen, ki jo povzroča vdihavanje glive, ki je prisotna v iztrebkih netopirjev ali ptic. Netopirjev gvano in urin lahko povzročita tudi strukturno škodo na domu. Netopir, ki ga najdemo v zaprtih prostorih, verjetno pomeni, da bo treba izvesti odstranitev netopirja.
Lastnike stanovanj, ki najdejo netopirja v hiši, močno priporočamo, da se ga ne dotikajo z golimi rokami. Težke usnjene rokavice bodo zaščitile pred ugrizi. Mrežo ali brisačo lahko nežno vržete čez netopir, da ga ujamete. Če je na zavesi ali drugi navpični površini, lahko škatlo ali pa jo postavite čez palico in pod njo pomaknete ravna deska ali kos kartona. Lokalni zdravstveni oddelek ali nadzor živali lahko pomaga oddati netopirja na testiranje na steklino.
Ker je veliko vrst netopirjev zaščitenih, je iztrebljanje na mnogih območjih nezakonito. Odstranitev netopirjev je najbolje doseči z izključitvijo in se ji je treba izogibati med majem in avgustom, ko je verjetno, da bodo prisotni netopirji, ki ne morejo leteti. Strokovnjak bo najprej temeljito pregledal strukturo, da bo videl, kje netopirji vstopajo in izstopajo. Netopirji se lahko stisnejo skozi odprtine, majhne do 1/2 palca (1.27 cm), zato mora pregled zajeti vse zatrepe, zračnike in previse na zgradbi.
Ko so dostopne odprtine identificirane, se lahko namestijo enosmerne lopute iz plastike ali mreže, ki omogočajo netopirjem izstop, vendar ne ponovni vstop. Ko je odstranitev netopirja končana, lahko naprave odstranite in odprtine zatesnite. Nato se lahko začne sanacija gvana in popravilo kakršne koli škode, ki jo povzročijo netopirji. Zavarovanje lahko krije čiščenje in postopek izključitve, saj živali niso glodalci.
Redno vzdrževanje strukture za prepoznavanje drobnih lukenj in razpok, kamor lahko netopirji vstopijo, jim bo pomagalo preprečiti, da bi se vrnili. Prezračevalne odprtine lahko zaprete z žično mrežo, vse razpoke pa zatesnite s tesnilno maso. Ko je odstranitev netopirjev uspešna, se lahko na dvorišču namesti hišica za netopirje, če želijo lastniki hiše obdržati živali v bližini zaradi svojih sposobnosti za nadzor žuželk.