Način odstranjevanja lezije je odvisen od številnih dejavnikov, na primer od tega, kje se lezija nahaja in ali je nevarna ali ne. Lezije se skoraj vedno odstranijo kirurško, vendar je nekatere bolje pustiti na mestu zaradi nevarnosti, ki jih predstavlja njihova odstranitev, na primer pri nekaterih možganskih lezijah. Številne lezije so tudi začasne in se celijo same ali s pomočjo peroralnih ali lokalnih zdravil. Če se odloči, da je treba lezijo odstraniti zaradi varnosti ali ker jo pacient želi odstraniti iz kozmetičnih razlogov, bo lokacija določila natančno vrsto potrebnega kirurškega posega.
Ena najpogostejših vrst lezij so kožne lezije, ki jih imenujemo tudi kožne lezije. Odstranitev kožnih lezij je običajno ambulantni postopek in se včasih lahko opravi kar v zdravniški ordinaciji, če lezija ni rakasta ali sumljiva. Lidokain ali drugo sredstvo za omrtvičenje se običajno injicira okoli mesta pred odstranitvijo. Poškodbo običajno nato bodisi zažgejo, kar je danes veliko manj pogosto kot nekoč, ali pa jo izrežemo s skalpelom v postopku, imenovanem britje.
Za operacijo kožnih lezij, ko obstaja nevarnost raka ali je znano, da je rak prisoten, bo morda potreben ambulantni poseg v bolnišnici. Lezija se najprej omrtviči z eno ali več injekcijami, preden se izreže. Če obstaja zaskrbljenost zaradi raka, se lahko odstrani tudi plast kože neposredno pod lezijo. Temu pravimo eliptična ekscizija in je globlji rez kot pri britju. Ta vrsta operacije pomaga zagotoviti, da se odkrijejo tudi vse rakave celice v koži pod lezijo.
Odstranjeni del se običajno testira za preverjanje rakavih celic v leziji in normalni koži, da se lahko določi nadaljnje zdravljenje. Če normalna koža pokaže prisotnost rakavih celic, se lahko izvede še ena globlja ekscizija. Morda bodo potrebne tudi druge metode zdravljenja, kot so obsevanje, kemoterapija ali terapija z zdravili.
Lezije se lahko pojavijo tudi na drugih mestih v telesu poleg kože. Lezije debelega črevesa so na primer pogoste in se običajno odkrijejo s kolonoskopijo. Te lezije se običajno kirurško odstranijo, ko jih najdemo, da se zmanjša tveganje za raka.
Nekatere možganske lezije je mogoče kirurško odstraniti, druge pa so lahko v delu možganov, zaradi česar je operacija preveč tvegana. Glavni razlog za odstranitev možganske lezije je strah, da je lezija ali bo postala rakasta. Kadar je odstranitev preveč tvegana, se lezije pogosto zdravijo z obsevanjem ali kemoterapijo, ki pomaga ubiti rakave celice.
Jetrne lezije lahko odstranimo tudi kirurško, da preprečimo nastanek ali širjenje raka. Lezija se lahko pojavi na skoraj kateri koli površini znotraj ali zunaj telesa in ali je odstranitev lezije možna ali ne, je odvisno od stopnje tveganja, ki ga nosi postopek, in od tega, ali obstaja tveganje za nastanek raka ali ne.
Nekatere druge pogoste vrste lezij, kot so lezije herpesa in lezije pri aidsu, se lahko zacelijo same ali z zdravili. Herpesne lezije lahko vključujejo herpes na in okoli ust ali na področju genitalij. Lezije zaradi aidsa se lahko pojavijo kjer koli na koži in jih zdravniki uporabljajo za presojo napredovanja bolezni. Lezije, ki jih najdemo pri herpesu, aidsu in drugih boleznih, ki prizadenejo imunski sistem, običajno niso kandidati za odstranitev lezij, ker pridejo in izginejo v različnih fazah bolezni.