Obstajata dve različni vrsti odstranjevanja ganglijev: aspiracija in ekscizija. Obe vrsti odstranjevanja ganglijev sta relativno varni in pri obeh metodah se pojavi zelo malo zapletov. Vsako od teh dveh metod odstranjevanja je mogoče izvesti v zdravniški ordinaciji, oba postopka pa trajata le kratek čas.
Ko je izbrana aspiracija, se v cisto vstavi velika igla, pritrjena na brizgo. Z ekstrakcijo tekočine, ki je znotraj ciste, se cista začasno odstrani. Ta postopek odstranjevanja ganglijev traja približno trideset minut. Bolniki, ki opravijo aspiracijski poseg, pogosto zapustijo zdravniško ordinacijo z majhnim povojem, čeprav je ta postopek relativno neboleč.
Izrezovanje ciste je nekoliko bolj zapleteno kot postopek aspiracije. Velike ciste je treba odstraniti z metodo ekscizije. Ta postopek poteka tudi v zdravniški ordinaciji, čeprav se uporablja lokalni ali regionalni anestetik. Po določitvi natančne velikosti in oblike ciste bo zdravnik poskušal odstraniti cisto s skalpelom. Ko je cista odstranjena, se na rez nanesejo šivi. Bolniki morajo ostati v zdravniški ordinaciji do trideset minut po odstranitvi.
Po katerem koli postopku odstranitve ganglija se morajo bolniki izogibati kakršni koli intenzivni telesni dejavnosti do oseminštirideset ur. Poleg tega se je treba izogibati kakršnim koli ponavljajočim se gibom. Bolniki, ki so bili podvrženi operaciji ekscizije, bodo morda težko premikali prizadeto območje en do dva tedna. V obeh primerih je treba opraviti nadaljnji pregled pri zdravniku, da se zagotovi pravilno celjenje.
Ljudje, ki imajo ponavljajoče se ciste po večkratnih poskusih aspiracije, bodo morda želeli razmisliti o odstranitvi. Če cista med aspiracijo ni bila v celoti odstranjena, se lahko ponovno pojavi. Čeprav cista ni nevarna za zdravje, je ta vrsta rasti lahko moteča. Ciste se večinoma pojavijo zaradi travme sklepov ali propadanja tkiva, čeprav natančen vzrok ganglijske ciste ni znan.
Medtem ko je ekscizija najučinkovitejša vrsta odstranitve ganglije, je aspiracija metoda, ki jo izbere večina ljudi. V obeh primerih ni treba odstraniti ganglijske ciste, razen če cista postane boleča ali zelo grda. Čeprav so vse ganglijske ciste benigne, mora vsako veliko kožno tvorbo temeljito pregledati zdravstveni delavec.