Ena najpogostejših metod čiščenja prebavnega sistema je večurno ali nekajdnevno postenje. Nekatere snovi, na primer aktivno oglje, lahko zaužijemo tudi za vsrkavanje toksinov in drugih škodljivih snovi v prebavnem traktu. Za čiščenje spodnjega dela prebavnega trakta so zelo učinkoviti tudi klistirji in kolonohidroterapevtski postopki. Eden najučinkovitejših načinov za ohranjanje čistega in brezhibnega delovanja prebavnega trakta pa je zdrava in uravnotežena prehrana, ki vključuje veliko vlaknin.
Izločanje trdne hrane iz prehrane ali post je pogosto ena izmed prednostnih metod za čiščenje prebavnega sistema. Odsotnost trdnih odpadkov v prebavnem traktu naj bi telesu omogočila, da izplakne vse toksine, ki so se tam nabrali. Dolgotrajni post običajno ni priporočljiv, večina ljudi pa se na splošno ne posti več kot 12 do 24 ur. Poskus postenja dlje kot nekaj dni je lahko nevaren.
Pri postu se človeku običajno svetuje, da ostane hidriran s pitno vodo. Za čiščenje prebavnega sistema pa lahko uporabite tudi post s sadnim sokom. Med tovrstnim postom človek običajno pije samo vodo in sadne sokove.
Tablete z aktivnim ogljem in bentonitno glino se lahko uporabljajo tudi za čiščenje prebavnega sistema. Pri zaužitju lahko te spojine absorbirajo toksine, kot so težke kovine in pesticidi, ter nevarne mikroorganizme, ki so prisotni v prebavnem traktu. Ti se nato izločijo iz telesa v iztrebkih. Obe spojini lahko povzročita nekatere neželene učinke, vključno z zaprtjem.
Klistirji in postopki hidroterapije debelega črevesa so druge metode čiščenja prebavnega trakta. Te metode se običajno uporabljajo samo za čiščenje spodnjega dela prebavnega trakta. Klistir običajno vključuje stiskanje tople vode v danko. S tem pomagate odplakniti toksine in otrdelo blato iz telesa.
Hidroterapija debelega črevesa se včasih imenuje namakanje debelega črevesa. Ta postopek običajno vključuje namestitev sterilne cevi v danko in izpiranje spodnjega črevesa s toplo vodo. Za razliko od klistiranja, ki čisti samo spodnji del spodnjega črevesa, kolonska hidroterapija običajno očisti celotno spodnje črevo.
Najučinkovitejša metoda čiščenja prebavnega sistema in preprečevanja kopičenja toksinov pa je zdrava in uravnotežena prehrana. Maščobne hrane in rafiniranega sladkorja ne smemo jesti ali vsaj jesti zmerno. Človek naj poskrbi tudi za zadostno količino vlaknin, ki so nujne za zdrav prebavni sistem in redno odvajanje črevesja. Naravni viri vlaknin vključujejo zelenjavo, sadje in polnozrnate žitarice.