Zdravniki in drugi izvajalci zdravstvenih storitev se pri odločanju, ali bodo nudili pomoč pri dihanju, sklicujejo na številne različne indikacije za intubacijo. Bolnike, ki ne morejo ohraniti odprtih dihalnih poti, pogosto intubirajo, da ohranijo sposobnost zraka, da doseže pljuča, in da se izdihani zrak sprosti v okolje. Druga indikacija za intubacijo je težava pri pridobivanju dovolj kisika iz vdihanega zraka v kri. Podobno, če bolniki ne morejo izpustiti dovolj ogljikovega dioksida, jih tudi intubiramo.
Ena od pogostih indikacij za intubacijo je zaščita dihalnih poti. Nekateri bolniki brez kognitivne funkcije, potrebne za ohranjanje odprtih dihalnih poti, lahko povzročijo, da se dihalne poti zamašijo z želodčno vsebino, ki je bila bruhana. Zato bolnike, ki so v splošni anesteziji, so zastrupljeni z različnimi snovmi ali imajo različne možganske motnje, intubirajo, da zagotovijo, da pljuča še naprej prejemajo neprekinjen pretok zraka. Bolnike, ki bi lahko krvaveli v dihalne poti, prav tako intubirajo, da zaščitijo dihalne poti, saj bi nakopičena kri lahko blokirala prehod zraka.
Ena izmed pogostih indikacij za intubacijo je neuspeh krvi, da pridobi dovolj kisika iz pljuč. To se lahko pojavi kot posledica številnih patoloških procesov, vključno s pljučnico, pljučno embolijo in boleznimi, ki uničujejo pljučno tkivo. Medtem ko zrak, ki je prisoten v okolju, vsebuje manj kot 30 % kisika, lahko ventilator črpa plin, ki vsebuje 100 % kisika, v intubiranega bolnika. Z višjo vsebnostjo kisika, ki je prisotna v pljučih, lahko kri pobere več kisika za distribucijo v preostali del telesa.
Za bolnike velja tudi, da imajo eno od indikacij za intubacijo, če se ne morejo znebiti dovolj plina ogljikovega dioksida, odpadnega produkta presnove, ki se običajno sprošča med izdihom. To se lahko pojavi kot posledica številnih različnih stanj, vključno s kronično obstruktivno pljučno boleznijo (KOPB) in hudimi napadi astme. Pojavi se lahko tudi kot posledica presnovnih motenj, ki povečajo kislost krvi.
Včasih so bolniki, ki dobijo dovolj kisika z vdihom in se z izdihom znebijo dovolj ogljikovega dioksida, še vedno intubirani, da bi še dodatno zmanjšali sproščanje ogljikovega dioksida iz telesa. To velja za eno od indikacij za intubacijo pri bolnikih, ki imajo povišan intrakranialni tlak. S povečanjem hitrosti dihanja se izloči več ogljikovega dioksida. Posledično zmanjšana koncentracija ogljikovega dioksida, prisotnega v krvi, zmanjša premer krvnih žil v možganih in s tem zmanjša pritisk v možganih.