Cvetovi perunike so trajnice, kar pomeni, da se vračajo vsako leto in rastejo iz čebulic ali korenike, odvisno od sorte. Medtem ko zaposleni vrtnarji morda cenijo dejstvo, da bodo cvetovi vsako sezono vzklili na istem mestu, to pomeni tudi, da se lahko uveljavijo tudi različne vrste bolezni in škodljivcev šarenice. Nekatere bolezni šarenice povzročajo različne vrste glivičnih okužb, kot je fuzarioza. Druge bolezni so posledica delovanja žuželk, ki povzročajo morebitne bakterijske okužbe.
Pri sajenju čebulic perunike se je najbolje izogibati pegam, ki imajo te cvetove v sebi zadnjih nekaj let, razen če je namen razširiti obstoječo, zdravo gredico. Številne vrste bolezni irisov lahko živijo v tleh leta in nove rastline se lahko zlahka okužijo, če so jim izpostavljene. Izbira napačnega območja bo verjetno povzročila, da rastline ovenejo in umrejo kmalu po kalitvi, čeprav lahko nekatere živijo dovolj dolgo, da zacvetijo, preden podležejo.
Fusarium venenje je primer glivične okužbe, ki lahko pesti cvetove več let, ko pride v zemljo. Ta težava običajno najprej okuži korenine rastline, kar povzroči mrtve rjave lise, ki se zdijo potopljene in so mehke na dotik. Prvi vidni simptom so lahko listi, ki so trnasti in rumeni; Kmalu po tem, ko bodo ti listi izpadli, bo rastlina umrla.
Še ena od bolezni šarenice, ki jo povzročajo glive, je gliva gorčičnih semen, znana tudi kot kronska gniloba in južna ožiga. Rastline razvijejo rjavo sluz, ki pokriva dno cvetov in listov in se lahko razširi vzdolž rastline, kar ubije tako zdrave kot nezdrave dele rastline. To pogosto napade cvetove perunike, ki izvirajo iz pacifiške obale, in večbarvne bradate perunike. Glivo gorčičnih semen je mogoče učinkovito preprečiti, če pa se enkrat uveljavi, je treba z območja odstraniti tako rastline kot zemljo, da preprečimo nadaljnje širjenje.
Nekatere vrste bolezni šarenice povzročajo aktivnosti žuželk. Bakterijska mehka gniloba je ena takih težav in se pojavi, ko bakterije vstopijo v rane v rastlini, ki so nastale zaradi delovanja šarenice. Korenik se okuži skupaj z listi in rastlina bo oddajala neprijeten vonj, pogosto brez očitnega razloga. Pri natančnejšem pregledu se običajno razkrijejo drobne luknje, ki jih pusti vrtač šarenice, in edina rešitev je lahko, da izkopljemo in zavržemo celotno rastlino, zlasti koreniko.
Bakterijska pegavost listov je ena od bolezni šarenice, ki ni nujno usodna za rastlino, lahko pa vseeno povzroči veliko škodo. Na listih se pojavijo velike, mokre lise, najprej na robovih, nato pa se razširijo proti sredini in postanejo rjave ter se sčasoma spremenijo v bele, ko list odmre. Strogi sanitarni ukrepi lahko pomagajo nadzorovati širjenje te okužbe, prav tako odstranitev vseh okuženih listov. Listje je treba popolnoma odstraniti z območja in nikoli ne smejo končati na kompostnem kupu ali ob robovih vrta.