Povprečno odraslo človeško telo ima približno 1013 celic, kar je približno 1600-krat več kot število ljudi na Zemlji. Ocenjujejo, da je na vsako celico v človeškem telesu približno deset mikroorganizmov, večinoma bakterij v debelem črevesu. To je mogoče, ker je prostornina tipične bakterijske celice lahko več kot 1000-krat manjša od ene od telesnih celic.
Poleg bakterijske telesne flore vsakogar kolonizirajo tudi glive (predvsem kvasovke), protisti in arheje (predvsem metanogeni), čeprav je o teh zaradi pomanjkanja v primerjavi z bakterijami znanega manj. V domeni makroskopske telesne flore, ko se nahajajo v telesu, so to običajno škodljivi zajedavci, kot so trakulje. Vendar imajo nekateri ljudje lahko na tisoče makroskopske telesne flore v koži ali laseh, pogosto v obliki pršic. Znanstveniki verjamejo, da je na svetu lahko kar milijon vrst pršic, ki so prilagojene vsakemu možnemu okolju – vključno s človeškim telesom.
99% bakterij v črevesju prihaja iz 30-40 vrst. Pogosto vidni rodovi vključujejo Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Eubacterium, Ruminococcus, Peptococcus, Peptostreptococcus in Bifidobacterium. Bakterijska telesna flora je ponavadi v simbiozi s svojim gostiteljem. Bakterije pomagajo pri prebavi zapletenih ogljikovih hidratov, ki bi sicer bili neprebavljivi, spodbujajo rast črevesnih celic, zatirajo patogene mikrobe, preprečujejo alergije, vnetne črevesne bolezni in igrajo ključno vlogo pri imunskem sistemu. Telesna flora in telo, ki ga zaseda, se skupaj razvijata desetine milijonov let.
Približno 60% mase blata sestavljajo bakterije. Nekatere bakterije, ki jih najdemo v blatu, so lahko patogene za osebo, od katere so prišle, in za ljudi okoli njih. To je del razloga za sodobno higieno. Bakterije, ki se širijo z blatom, vključujejo E. coli in Vibrio cholerae, bakterijo, ki povzroča kolero.