Prednosti etanola iz sladkornega trsa so zelo očitne, zlasti v primerjavi z etanolom na osnovi koruze. Sladkorni trs je sposoben, funt za funtom, proizvesti veliko več energije kot koruza, deloma zato, ker je lažje proizvajati etanol iz sladkornega trsa. Koruza zahteva dodatne encime, proces dodaja več korakov in stroškov. Sladkorni trs ponuja tudi druge prednosti.
Medtem ko se koruza pogosto goji v različnih pogojih, zaradi česar je težko določiti, koliko bo na voljo iz leta v leto, zlasti za posamezne rastline etanola na osnovi koruze, je etanol iz sladkornega trsa veliko bolj predvidljiv. Pridelek sladkorja v delu sveta, kjer se pretvori v etanol, ostaja iz leta v leto razmeroma stabilen v nasprotju s pridelki, ki se gojijo v koruznem pasu Združenih držav. Medtem ko regija srednjega zahoda ZDA ponuja nekaj najbolj rodovitnih tal na svetu, lahko veliko drugih stvari vpliva na pridelek koruze. Škodljivci, suše, poplave, celo močan veter, lahko povzročijo opustošenje na koruzi. Čeprav bi lahko enako rekli tudi za sladkorni trs, se zdi, da bo neurje prestal nekoliko bolje.
Druga prednost etanola iz sladkornega trsa je njegov cikel žetve. Koruzo posadimo vsako leto, običajno spomladi, nato pa pobiramo jeseni. Na cikel sajenja je samo ena letina. Vendar pa ima sladkorni trs prednost v nekaterih primerih do sedem žetev, preden je potrebno ponovno sajenje. Tako je lahko proizvodnja etanola iz sladkornega trsa veliko bolj energijsko in stroškovno učinkovita.
Ti dejavniki lahko povzročijo veliko razliko iz več razlogov. Sladkorni trs lahko pride do predelovalnih obratov bolj dosledno in predvidljivo. Za tovarno etanola sladkornega trsa je zelo malo razlogov za skrb, da proizvajalec ne bo mogel izpolniti svojih pogodbenih obveznosti. Čeprav to lahko večino časa velja tudi za koruzo, bodo leta, ko tudi ne drži.
Energetska bilanca, količina vložene energije v primerjavi z izhodno energijo, je tudi bistveno višja za etanol iz sladkornega trsa v primerjavi s koruznim etanolom. Za vsako enoto energije, vložene v proizvodnjo koruznega etanola, nastane 1.3 enote. Za vsako enoto energije, porabljene za proizvodnjo etanola iz sladkornega trsa, se ustvari osem enot. To ponuja še eno konkurenčno prednost za sladkor.
Treba je opozoriti, da so etanolski produkti, ne glede na to, ali so iz sladkorja ali koruze, kar zadeva bencinske dodatke, zelo enaki glede na reakcijo v avtomobilskih motorjih. Ko pride do avtomobila, je bil izpopolnjen do točke, kjer njegov izvor ni pomemben. Edini pomemben del so stroški in energetska korist od njegove proizvodnje. Ne glede na to, ali gre za koruzo ali sladkorni trs, etanol zagotavlja čistejši, višji oktanski bencin. Tako kot biodizel je tudi obnovljiv vir goriva.