Obstajajo številne alternative trgovini iTunes®, od katerih ima vsaka svoje prednosti in slabosti in je vsaka na voljo na številnih različnih računalniških platformah. Te alternative običajno omogočajo podobno funkcionalnost, kot je na voljo prek iTunes®, kar omogoča osebi, da organizira in upravlja svoj iPod®, pa tudi označevanje pesmi in pretakanje digitalnega internetnega radia na svoj predvajalnik. Nekateri priljubljeni primeri alternativ trgovini iTunes® so Winamp®, SharePod in MediaMonkey.
S svojo integracijo strojne opreme, programske opreme in podobe življenjskega sloga je Apple® dosegel pomemben uspeh z izdajo iPod® in implementacijo trgovine iTunes® za uporabnike, da lahko kupujejo glasbo in upravljajo pesmi na svojem predvajalniku. Nekaterim uporabnikom iPod® pa ni mar za iTunes® in želijo alternativo trgovini iTunes® in njenim sistemom za upravljanje medijev. Številna različna podjetja in programi so se odzvali na ta poziv z zagotavljanjem teh alternativ uporabnikom računalnikov.
Teh nekaj primerov nikakor ni izčrpnih in je le vzorec programov, ki jih je mogoče najti in uporabljati za upravljanje iPod®. Winamp® je program, ki je na voljo že več kot desetletje in zagotavlja avdio in video predvajalnik za uporabnike sistema Windows®. Novejše različice programa vključujejo tudi podporo za iPod®, z njim pa lahko upravljate skladbe in sezname predvajanja ter sinhronizirate predvajalnik z različnimi podcasti in storitvami pretakanja. Winamp® s stotinami prilagojenih preoblek in dodatkov ponuja uporabno alternativo trgovini iTunes® in veliko prilagodljivosti za vsakega uporabnika računalnika.
SharePod je program, ki ga je mogoče zagnati neposredno iz iPod® samega, kar omogoča nekomu, ki nima skrbniškega dostopa, potrebnega za namestitev programa v računalnik, da ga še vedno uporablja. Medtem ko se nekaterim ljudem, ki iščejo alternative trgovini iTunes®, morda zdi, da je nekoliko omejujoča in omejena v svoji funkcionalnosti, lahko za osnovne uporabnike zadovolji večino njihovih temeljnih potreb iPod®. Je preprost in enostaven za uporabo, vendar ne ponuja široke palete možnosti, ki jih prikazujejo drugi programi.
MediaMonkey je še ena od alternativ in omogoča visoko raven funkcionalnosti in personalizacije za uporabnika. Medtem ko bodo napredni uporabniki verjetno cenili številne funkcije in možnosti, ki jih omogoča program, se bo nekaterim uporabnikom morda zdelo izjemno. Navsezadnje bodo morali posamezni uporabniki najti program, ki je pravi zanje, pri iskanju alternativ za iTunes® trgovino najti optimalno kombinacijo intuitivne postavitve in prilagodljivosti.